实验记录 | bowite2安装

我首先使用conda进行安装，但是最后出现了与samtools相似的问题，于是，现在直接下载软件包。
https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.2/
从列表中选择适用于linux系统的软件包（linux-x86_64）。
解压。
unzip bowtie2-2.4.2-linux-x86_64.zip
配置环境变量。
sudo vi ~/.bashrc
在文件中添加bowite2的系统安装路径：

export PATH="/home/zxx/workplace/bowtie2:$PATH"

保存。
source ~/.bashrc

在任意路径下输入bowite2 --version

屏幕显示：

/home/zxx/workplace/bowtie2/bowtie2-align-s version 2.4.2
64-bit
Built on fcc614744c04
Tue Oct 6 03:06:29 UTC 2020
Compiler: gcc version 8.3.1 20190311 (Red Hat 8.3.1-3) (GCC)
Options: -O3 -msse2 -funroll-loops -g3 -g -O2 -fvisibility=hidden -I/hbb_exe_gc_hardened/include -ffunction-sections -fdata-sections -fstack-protector -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIE -DPOPCNT_CAPABILITY -DWITH_TBB -std=c++11 -DNO_SPINLOCK -DWITH_QUEUELOCK=1
Sizeof {int, long, long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

安装成功！