R WGCNA基础（3）——零零碎碎

又好久没有更新，原因无他，项目好多。。。这一阶段主要攻克WGCNA的流程，想了一下自己的数据对照着例子的数据总有一些奇奇怪怪的问题，比如GO富集物种不包括爪蟾。。。没有临床特征数据。。。昨晚上做梦的时候好像把一份数据当成两份直接用矩阵的方式跑通流程，貌似可以尝试一下，博主心里觉得这个可以尝试一下。还有就是这个时间花费真心长啊~~~~~~~~~

GO富集除了不支持某个模式生物外，还仅支持GeneID，不支持GeneSymbol，这个更蛋疼，简单流程：

probes = names(datExpr)
probes2annot = match(probes, annot$V1)
allLLIDs = annot$V2[probes2annot]
GOenr = GOenrichmentAnalysis(moduleColors, allLLIDs, organism = "human", nBestP = 10) # Only support human, mouse, rat, malaria, yeast, fly, bovine, worm, canine, zebrafish, chicken
tab = GOenr$bestPTerms[[4]]$enrichment
write.table(tab, file = "03.GOEnrichmentTable.xls", sep = "\t", quote = FALSE, row.names = TRUE)

展示network更费时间和内存，如果你要超过4000个gene的画图的话。。。建议取1000即可，测试跟2000的结果没有多大差别：

nGenes = ncol(