RNA-seq分析：Step4（比对）

目录

前记

一、建立基因组索引

1、gtf文件转换

2、提取可变剪切和外显子信息

3、建立索引

二、reads比对

三、SAM文件处理

四、比对结果可视化

1、对bam文件建立索引

2、使用IGV可视化bam文件

​编辑 五、比对结果质量评估

六、后记

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前记

预处理之后的fastq文件，可以使用HISAT2软件将reads比对至参考基因组上。

HISAT2软件将reads比对至参考基因组上的步骤如下：

1. 对参考基因组进行建索引。对参考基因组进行预处理，生成索引文件，包括基因组序列的FM索引和SA索引。

2. 将原始的reads进行预处理。包括去除接头序列、去除低质量的碱基，以及进行过滤，得到质量较高的、可靠的reads。

3. 利用建立的FM索引和SA索引，将处理后的reads与参考基因组进行比对。首先，通过FM索引，快速找到与reads匹配的可能位置；然后，通过SA索引，在找到的可能位置中，比对精确定位reads的位置。

4. 在reads比对完成后，进行后处理和优化。对比对的结果进行排序和去重，以及对那些多次比对的reads进行处理，得到最终的比对结果。

5. 对比对结果进行注释和分析。将reads比对的结果与基因组注释信息进行结合，得到基因的表达信息、SNP位点信息等。

这些步骤综合运用，可以高效地将reads比对至参考基因组上，并得到比对结果。