生信初学者使用GeneMark_ES脚本经验

最新推荐文章于 2023-11-06 22:12:11 发布

sunwb83

最新推荐文章于 2023-11-06 22:12:11 发布

阅读量1.4k

点赞数 1

文章标签：大数据 perl

本文链接：https://blog.csdn.net/sunwb83/article/details/125794845

版权

GeneMark-ES perl脚本使用

ES需要perl module可以在install文件中查询。
在安装module时分自动和手动安装。自动安装指令为: 按装cpan：$sudo perl -MCPAN -e install Spiffy; 安装perl模块：$sudo cpan install DBI; 验证是否安装成功: $perl -e 'use DBI' （没报错即成功）。手动安装，先从module网站（http://matecpan.org或者http://search.cpan.org/ ）下载module包。加压后在module目录下运行perl Makefile.PL指令检测mudole包，先后用make指令和sudo make install指令安装module。包安装好后在gm_key文件夹下运行指令cp gm_key ~/.gm_key指令拷贝key文件（要将key文件名称改为gm_key）。genemark_ES解压目录gmes_linux文件夹下运行perl check_install.bash脚本检查ES运行的所以包和环境是否完整。
在GeneMark-E-test文件下新建ES文件夹；在ES文件夹内新建input文件夹存放要分析的数据；在新建test文件夹，在test文件夹目录下执行$ ../../../gmes_petap.pl --sequence ../input/genomic.fna --ES --fungus指令就可以成功预测目标基因组内基因。（../表示上一级文件夹，有多少上一级文件就有多少../）
注意：直接在gmes_petap.pl脚本所在文件夹目录下运行此脚本会报错code not excute in installation folder。所以必须在脚本所在文件下新建文件夹内才可以正常运行。