【深入UCSC Genome Browser】repeats-RepeatMasker

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探索者v

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分类专栏：生物信息文章标签：重复区域 rmsk repeats

于 2018-07-08 13:38:58 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/80958785

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RepeatMasker（http://www.repeatmasker.org/）是Arian Smit等人开发的程序，可以筛选DNA序列中的散在重复序列（ interspersed repeats）和低复杂序列（low complexity DNA sequences）。
RepeatMasker 在 UCSC Genome Browser以track方式显示，位于repeats模块。

USSC 截图

这里写图片描述

rmsk文件下载：

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/rmsk.txt.gz

当然，也可以修改参考基因组为hg38

rmsk.txt 包含多列
这里写图片描述

各列含义为：


染色体上的范围（可快速检索）
比上的 Smith-Waterman 分值
每千碱基不一致的碱基数
每千碱基缺失的碱基数
每千碱基插入的碱基数
基因组名字
基因组上起始位置
基因组上终止位置
基因组剩余未被屏蔽的长度
正负链信息
重复序列名称
重复序列分类
重复序列家族
重复序列上的起始位置
重复序列上的终止位置
重复序列余下的长度
重复序列 id 号

类型主要包括：