上下调基因和代谢物以不同颜色表示上下调,并显示在同一张KEGG通路图中。
在MetobaAnalyst数据库:https://www.metaboanalyst.ca/
(一)点击Click here to start进入
(二)选择Joint-Pathway Analysis模块
(三)这里简单看一下例子,包含需要输入的差异基因和差异代谢物两类数据,分别需要两列:一列gene/代谢物名字,另一列是对应的log FoldChange值
(四)Submit提交后选择参数和算法
(五)继续提交,得到结果。点击左边图的点可以看到对应的通路名称,右边同时显示通路图
圆形:代谢物,方形:基因;
红色:上调,绿色:下调
(六)再次点击Submit可以Dowload结果
注意:里面只包含你刚刚点击的点(通路)图,其他图片要数据库在线查看下载,取决于自己的阈值啦~
表格形式的数据总结很全,包括FDR,P-value,Impact等等,总之还是很全面的!