PPA方式安装emacs28版本(六十四)

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分类专栏： Emacs进阶系列 文章标签： ubuntu linux 服务器
于 2023-02-16 11:33:44 首次发布
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  1. 安装步骤
# sudo add-apt-repository ppa:kelleyk/emacs
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  1. 卸载步骤
# sudo apt remove emacs
# sudo add-apt-repository --remove ppa:kelleyk/emacs
CHIP-seq流程学习笔记（10）-使用intersect()函数提取ChIP-seq和RNA-seq中的共有基因
垚垚爸的博客
11-07 845
参考文章：R中常用函数使用说明 # 利用intersect函数对RNA_seq和ChIP_seq中的交集gene_symbol进行提取。 # 参考文章：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/80494605?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522160471856319195264746932%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.
项目文章 | Cell Reports&ChIP-seq和RNA-seq联合鉴定伯克霍尔德氏菌毒性的重要调节因子
Igenebook的博客
06-13 956
群体感应也是许多病原微生物完全发挥其毒力所必需的，有研究表明伯克霍尔德氏菌可利用顺式-2-十二烯酸（Burkholderia DSF，BDSF）和N-酰基高丝氨酸内酯（AHL）两种QS系统调节其生理和毒性，其中BDSF通过激活RpfR蛋白的磷酸二酯酶活性，降低细胞内环二聚鸟苷酸（c-di-GMP）水平，从而增强RpfR-GtrR复合物的转录调控活性，其原理如图1所示。结果显示，BDSF增强了DsfR对这些启动子的结合，且随着BDSF浓度的增加，DsfR与探针的结合量也增加（图6A-6C）。
通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态
03-07
背景：转录因子（TFs）和组蛋白修饰（HMs）之间的相互作用在基因表达的精确调控中起着重要作用。 这些相互作用的背景特异性以及其在正常和疾病中的动态还很大程度上未知。 基因组学技术的最新发展实现了通过RNA-seq进行转录谱分析和通过ChIP-seq进行蛋白质结合谱分析。 对这两种类型数据的综合分析使我们能够从基因组共定位和下游靶基因表达中研究TF和HM的相互作用。结果：我们提出了一条整合管道，以探索55个TF和11个HM的共定位。 ENCODE提供的相匹配的ChIP-seq和RNA-seq数据可在人GM12878和K562中获得其动态。 基于它们在转录起始位点（TSS）周围的结合富集，我们将TF和HMs分为三种类型。 然后提出了一组统计指标来表征TF-TF和TF-HM的共定位。 我们发现Rad21，SMC3和CTCF共定位在五个细胞系中。 GM12878中的高分辨率Hi-C数据显示，它们将大多数Hi-C峰基因座与特定的CTCF图案“锚”相关联，并支持CTCF，SMC3和RAD2的共定位在3D染色质结构中起重要作用。 同时，GM12878和K562之间有17个TF-TF对是高度动态的。
基于OmicVerse的Bulk RNA-seq数据细胞类型解卷积与模拟单细胞生成
最新发布
Ljugg的博客
03-19 980
通过以上步骤，我们实现了从Bulk数据到模拟单细胞数据的全流程分析，为缺乏单细胞数据时的下游分析提供了有效解决方案。实际应用中需根据数据特点调整参数，并通过交叉验证确保结果可靠性。尝试多种工具（如CIBERSORTx、MuSiC），评估结果一致性。
ChIP-seq和RNA-seq联合分析助力揭示暹罗炭疽菌对咯菌腈反应的作用
Igenebook的博客
11-15 753
该研究作者通过ChIP-seq和RNA-seq联合分析获得了转录因子CsAtf1的靶基因CsCyp51G1，通过研究进一步揭示了暹罗炭疽菌对咯菌腈反应的作用机制。
ChIP-seq 分析：数据比对（3）
冷冻工厂
02-13 926
读取 = reads（二者含义相同，下文不做区分） 1. ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组对齐，以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。 由于 ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对，我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2. 参考基因组生成 首先，我们需要以 FASTA 格式检索感兴趣的基因组的序列信息。我们可以使用 BSgenome 库来检索
superSTR:轻巧，无需比对的工具，可用于检测短读WGS，WES和RNA-seq数据中包含重复的读物
04-04
轻巧，无需比对的实用程序，可用于检测短读WGS，WES和RNA序列数据中包含重复的读段。 正在准备描述superSTR的预印本。 superSTR的C99组件是Roman Kolpakov，Ghizlane Bana和Gregory 修改和扩展的 。 有关mrep的...
靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！
bio2s
07-25 391
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。
历史上那些经典的RNA-Seq数据比对软件
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
01-24 1029
我们知道，mRNA 因为可变剪切丢失了内含子，因此不能像 DNA 数据那样简单地比对到基因组上。如上图所示，mRNA reads 比对到基因组可能出现 3 种情况：read完全比对到1 个 exon 内（红色）read 跨越 2 个 exon（蓝色）read 跨越 2个以上的 exon（紫色）过去的 10 多年，已经开发了多种比对工具来应对快速增长的 RNA-Seq 测序数据，本文就来盘点一...
NGSCheckMate:用于检查NGS数据样本匹配的软件程序
05-15
它分析了各种类型的NGS数据文件，包括（但不限于）全基因组测序（WGS），全外显子组测序（WES），RNA-seq，ChIP-seq和各种深度的靶向测序。 数据类型可以混合（例如WES和RNA-seq，或RNA-seq和ChIP-seq）。 它以BAM...
Python-bcbionextgen这个工具箱为全自动高通量测序分析提供符合最佳实践的处理流程
08-11
1. **自动化流程**：`bcbio-nextgen` 提供了一套灵活且可配置的流程，能够自动处理多种类型的测序数据，包括全基因组测序（WGS）、外显子捕获（WES）、RNA-seq、ChIP-seq等。该流程包括质量控制、比对、变异检测、...
ChIP-seq 分析：教程简介（1）
冷冻工厂
02-05 1097
简介 本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。 课程材料和练习可在 https://rockefelleruniversity.github.io/Intro_To_R_1Day/ 上以呈现的 HTML 形式查看。 环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.
易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用
E_gene的博客
07-19 4049
2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全基因组染色质状态注释）可以系统分析表观基因组如何促进细胞身份(cell identity)、细胞发育、细胞谱系规...
临床测序(WES, WGS)分析流程（一）基本流程+过滤
闲敲棋子落灯花
09-27 8957
从指控->比对->BAM处理->call突变->合并gvcf都可参考我之前的GATK Germline Best Practivce 假设目前得到VCF test1.vcf（包含4个样本，其中一个为CJ-258） Task1 提取CJ-258特有的突变 : java -Xmx15g -jar GenomeAnalysisTK.jar -R ucsc.hg19.fasta ...
Chip-seq流程报告
热门推荐
生物医学信息学博客
02-01 3万+
实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting superenhancerassociated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC
转录组(未完待续)
xxxxy314的博客
10-06 4681
统计Mapped Reads在基因组的CDS(Exon)、Intron、Intergenic等区域的分布，用于检测测序序列在基因组上的来源，正常情况下，Exon(外显子)区域的测序序列定位的百分比含量应该最高，定位到Intron(内含子)区域的测序序列可能是由于非成熟的mRNA的污染或者基因组注释不完全导致的，而定位到Intergenic(基因间隔区域)的测序序列可能为基因组注释不完全以及背景噪音
全外显子测序(WES)由入门到精通记录
heroacool的专栏
01-07 5539
背景 作者是一个没有生信背景知识的程序员，近期对全外显子测序有些感兴趣，因此记录一下学习过程，和大家共同进步。 预备知识 WES基础知识 什么是基因 什么是DNA 二代测序基础知识 等位基因 软件安装 bwa git clone https://github.com/lh3/bwa.git cd bwa make 由于bwa的makefile没有写intall的脚本，所以我们直接将编译的目录加入到环境变量中， vim ~/.bashrc export PATH=${PATH}:/usr/local/cud
C语言基因序列比对,转录组入门（5）： 序列比对
weixin_36420854的博客
05-24 967
比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从...
RNA-seq数据构成原理
weixin_47151413的博客
03-01 2852
转录组研究方法 定性 鉴定出所有表达的转录本定量 确定转录本各自的表达量 RNA-seq可以做什么 Level 1: 每个基因的表达量是多少Level 2: 有哪些转录本？有哪些可变剪切？是否会有一种方式的可变剪切产生的前体mRNA(isoform)，较为富集不同样本之间是否有表达量差异 RNA-seq之前的技术 Real-Time qRT-PCR(实时荧光定量PCR) 转录本定量测量金标准，准确率极高，类似于DNA的一代测序 通过对...
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