Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs 使用重复图组装长且容易出错的读操作

使用重复图组装长且容易出错的读操作

精确的基因组装配受到重复区域的阻碍。尽管长单分子测序读序列比短读序列能够更好地解决基因组重复，但大多数长读序列装配算法并没有提供产生最佳装配所需的重复特征。

在这里，我们提出了Flye，一种长读组装算法，它在一个未知的重复图中生成任意路径，称为脱节图，并从这些错误百出的脱节图中构造一个精确的重复图。我们将Flye与五种最先进的组装器进行基准测试，结果表明它可以生成更好的或可比的组装 器，而且速度快了一个数量级。与现有的组装器相比，Flye几乎使人类基因组组装的连续性(以NGA50组装质量度量)增加了一倍。