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基因组组装assembly
文章平均质量分 76
wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述
第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述王昊1,陈挺1,2摘要: DNA测序是生物信息学研究的重要内容之一,对测序序列的从头拼接是其中非常基础而重要的步骤。随着测序技术的不断更新,新的第三代测序数据拥有更长的序列长度、高错误率等性质,针对这些性质,同时使用二代、三代测序数据进行混合拼接是获得更好的拼接结果一种重要方式。本文介绍了现有的混合拼接软件的基本原理,并比较了不同软件拼接结果。最后,本文对选择拼接软件以及提出新的混合拼接方法的研究方向给出了建议。关键词:...原创 2023-08-19 09:00:06 · 1007 阅读 · 0 评论 -
基因、DNA、碱基、染色体之间的关系是什么?
比如你想攒一辆山地自行车,买了一堆零件,但不知道怎么组装。于是你到图书馆,想找一本关于组装山地车的书。你家当地的图书馆有一处总书库,和几处分书库,你去的是总书库。这座总书库,就是染色体。你在书库中找到了一本书,这本书是关于自行车组装的,其中第50页到第52页是关于山地车组装的。你只需要看这三页就能获得组装这部车的全部信息。这三页书,就是基因。这本书是用英文写的,英文有二十六个字母。这本书里的英文字母,就是核苷酸(Nucleotide)。(感谢评论修正)图书馆有规定,所有图书不许外借,你需要把原创 2021-10-07 20:10:27 · 2822 阅读 · 0 评论 -
基因组组装
基因组组装前言基因组组装(Genome assembly)是生物信息学领域的核心问题,基因组组装就是把序列测序产生的读取片段reads经过序列拼接组装,生成基因组的碱基序列。基因组组装软件可根据得到的所有读长组装成基因组。基因组组装这个步骤对于基因组分析是十分关键的,因为目前二代测序技术获得的测序序列一般都较短,需要组装拼接成较长的完整的序列用于进一步分析,例如长序列能提高物种注释分析的准确性。宏观来说,基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapp原创 2021-09-08 15:51:58 · 6047 阅读 · 0 评论 -
K单体型重建算法的研究
K单体型重建算法的研究王兆灿【摘要】:随着新一代基因测序技术的飞速发展,以及单体型数据在人类遗传学等领域研究和应用的不断深入,对单体型数据的研究开始转向其他生物物种。由于测序技术的限制,通过生物学实验的手段直接测定单体型的代价过于昂贵,因此,基于DNA片段数据的单体型组装技术的研究仍然是这些应用得以大规模推广的必要手段。由于许多其他物种的单体型个数均大于2,现有求解二倍体单体型的算法无法应用于这些物种的单体型组装,因此研究适用于这些物种的K单体型组装算法具有重要的科学研究价值和现实意义。本文...原创 2021-06-27 18:56:07 · 134 阅读 · 0 评论 -
基于半监督学习的单体型组装算法
基于半监督学习的单体型组装算法发布时间:2021-02-16 17:20 单体型组装(Haplotype Assembly)是根据测序得到的DNA片段通过各种模型算法来重建出生物个体的单体型。随着人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)的逐渐完成,人们已经认识到个体之间基因序列的差异是造成个体之间各种表型差异的主要原因,如发色、体型、罹患疾病的不同风险程度等。因此分析个体的单体型在遗传领域有非常重要的意义,其主要应用有疾病诊断、药物研究等。如果能仅通过生物手段就获得个体正原创 2021-06-27 18:36:27 · 285 阅读 · 0 评论 -
德布鲁因图和OLC组装基因组
德布鲁因图和OLC组装基因组基本概念k-mer指的是bai将一条read,连du续切割,挨个碱基划动得到zhi的一序dao列长度为K的核苷酸序列 contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列 来确定一些Contig之间的顺序关系,这些先后顺序已知的Contigs组成ScaffoldScaffold上可能有若干个Contig,中间有模糊序列相连接成Scaffold德布鲁因图所谓德布鲁因图就是有节点和边构成的有向图,其要求是相邻两个节点的元素错开.原创 2021-02-26 15:25:52 · 1931 阅读 · 3 评论 -
基因组组装----k-mer
1.什么是k-mer?k-mer:在生物信息学中,k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。比如序列:GTAGAGCTGT,根据k值不同,可得到以下k-mer。注:长度为L的序列对于一个给定的K可以得到L-k+1个k-mers。file2.可视化k-mers----k-mer spectrumk-mer spectrum:显示了序列中的每个k-mer的多重性(例:8-mers' frequency)与具有该多重性的k-mers的数目。下图为大肠杆菌的8-mer spe原创 2021-02-26 15:15:11 · 3893 阅读 · 0 评论 -
如何进行基因组组装?
如何进行基因组组装?(1)随着测序的发展,越来越多的生物体被进行基因组进行测序,这些测序的reads,再被用于组装或者其它相关的研究。基因组序列组装是一个研究的起点,如果你研究的物种没有参考基因序列,就无从找到该生物有的基因,进行基因的功能分析,然后开展下游的群体遗传,结构差异等等一系列非常有趣的研究。所以说组装好参考基因组是基因组研究的最基础的事情之一。接下来,希望通过网上一些教程,和大家熟悉了解一下如何进行基因组组装。首先先让我们从大的picture来回顾一下,基因组组装的相关知识。.原创 2021-02-26 15:12:02 · 4391 阅读 · 0 评论 -
SPAdes混合组装二代、三代测序数据
导读SPAdes是2012年发表在Journal of Computational Biology上的一篇文章提出的二代测序组装软件,是目前引用量已经达到6200+,在宏基因组组装软件中引用量最高【其他组学不清楚了】。SPAdes不仅推出rnaSPAdes【转录组】、metaSPAdes【宏基因组】、plasmindSPAdes【质粒】,还推出了可以用于二代、三代测序数据混合组装的hybrid SPAdes功能。SPAdes虽然在速度、效率上比不过megahit,但SPAdes内部含校错功能,组.原创 2021-02-26 14:58:28 · 3772 阅读 · 0 评论 -
单倍型基因组组装方法
1. 什么是单倍型?image同源染色体:同源染色体,一个来自母本,一个来自于父本。单倍型:单倍体基因型的简称。遗传学上指在单条染色体上一系列遗传变异位点的组合。2. 单倍型组装的意义?目前,大多数二倍体基因组组装都忽略了同源染色体之间的差异,将基因组组装成一个假的单倍体序列,这是二倍体类型的组装的人为共识。这种人为的共识可能导致基因注释的不精确和生物学解释的错误。为了深入研究的需要,更多的物种需要将来自父母的遗传信息都获得,因此参考基因组就需要获得两个单倍体基因组,...原创 2021-02-26 14:52:54 · 8072 阅读 · 0 评论 -
基因组组装的那些困扰,用单倍体基因组一一破解!
动植物基因组非常复杂,基因组大小、杂合度、GC含量、倍性等都会影响着基因组组装的难度和结果。特别是目前动植物基因组大多采用二倍体或多倍体材料直接进行测序组装,对于复杂基因组如高杂合、大基因组等,组装的难度很高。同时,二倍体或多倍体组装的结果混杂了双亲等位基因组的嵌合序列,可能会引入错误的基因注释信息。此时如果能进行单倍体基因组组装,不仅能降低组装难度,还能获得一套染色体组的序列。什么是单倍体基因组?二倍体拥有两套染色体组,对有性繁殖的物种来说,一套染色体组来源于母亲,另一套来源...原创 2021-02-25 18:58:28 · 4135 阅读 · 1 评论 -
基因组组装算法
本文主要内容:De Bruijn graph算法 基因组组装过程 Kmer为什么是奇数 Kmer的作用在上篇文章cutadapt使用指南中,我们提到可以使用minion来寻找测序数据的接头,但是原理是什么呢?这个问题激发了我的兴趣,于是搜索了原文献:Unfortunately sometimes adapter information is not properly tracked and attached as metadata to the raw sequencing data and原创 2021-02-20 11:30:11 · 1039 阅读 · 0 评论 -
基因组 组装
基因组 de novo 组装原理Falcon软件的组装流程为了错误校正,将原始子reads进行overlap 预组装和错误校正 错误校正后reads的overlap检测 overlap的过滤 从overlap构建图 从图构建contigs几个解释:sub-reads是啥?为什么要进行错误校正?校正的原理是什么?length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思,为什么要设置这两个参数?sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads,方原创 2021-02-20 11:18:39 · 6438 阅读 · 0 评论 -
ReMILO:使用短读和长读的参考辅助错配检测算法
ReMILO:使用短读和长读的参考辅助错配检测算法鲍古德,宋长进,凌小兰作者须知Bioinformatics,第34卷,第1期,2018年1月1日,第24-32页,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx524发布时间:2017年8月21日文章历史PDF格式 拆分视图 引用 权限图标权限 分享 抽象的动机...原创 2021-02-18 09:53:52 · 901 阅读 · 0 评论 -
Reference-assisted chromosome assembly
Reference-assisted chromosome assemblyJaebum Kim,Denis M. Larkin,Qingle Cai,Asan,Yongfen Zhang,Ri-Li Ge,Loretta Auvil,Boris Capitanu,Guojie Zhang,Harris A. Lewin, andJian MaPNASJanuary 29, 2013110(5)1785-1790;https://doi.org/10.1073/pnas...原创 2021-02-18 09:48:32 · 1789 阅读 · 0 评论 -
Bioinformatics: Assembling Genomes (week 1-2)
Bioinformatics: Assembling Genomes (week 1-2)本文为Coursera课程Assembling Genomes and Sequencing Antibiotics (Bioinformatics II)笔记。作者:ybwBioinformatics Assembling Genomes week 1-2 Introduction Motivation Problems Terminologies The idea...原创 2021-01-25 19:26:42 · 147 阅读 · 0 评论 -
Genome-scale de novo assembly using ALGA 使用ALGA进行 基因组规模的从头组装
使用ALGA进行基因组规模的从头组装Sylwester斯瓦特,阿图尔·拉斯考斯基(Artur Laskowski)扬·巴杜拉(Jan Badura)沃伊切赫Frohmberg,帕维尔·沃西乔夫斯基(Pawel Wojciechowski)亚历山德拉·斯威兹(Aleksandra Swiercz)玛塔·卡斯普扎克(Marta Kasprzak),雅克(Jacek Blazewicz)作者须知生物信息学,btab005,https://doi.org/...原创 2021-01-25 19:16:31 · 334 阅读 · 0 评论 -
de novo assembly是新的基因组装配
de novo assembly是新的基因组装配,(de novo 的意思是全新,assembly是序列拼接),即在没有参考序列的情况下进行序列拼接,对未知基因组序列进行测序,利用生物信息学分析手段,对序列进行拼接、组装,从而获得其基因组的图谱。但这是个相对的概念,比如如果有了人类基因组作参考,那拼chimpanzee的就不是de novo,而算ab initio。此外还会有人对测序的覆盖度(coverage)和测序的深度(depth)概念混淆。 对于coverage,由于大片段拼接的gap(空.原创 2021-01-25 19:11:31 · 1697 阅读 · 0 评论 -
High-Quality Genome-Scale Models From Error-Prone, Long-Read Assemblies高质量的基因组尺度模型来自易出错的,长时间读取的程序集
高质量的基因组尺度模型来自易出错的,长时间读取的程序集误差杆,长读装配的高质量基因组规模模型贾里德T. Broddrick1 *†,理查德舒宾2,查尔斯J. Norsigian2,乔纳森M.僧2,哈德O.保尔松2和玛丽Parenteau的N.11美国加利福尼亚州莫菲特菲尔德,美国宇航局埃姆斯研究中心,空间科学和天体生物学科,外生生物学科 2加利福尼亚大学圣地亚哥分校生物工程系,加利福尼亚州拉荷亚基于纳米孔的测序技术的进步使得能够快速表征基因组和转录组。这种测序技术的新兴应用是病原菌的...原创 2021-01-24 14:08:40 · 1545 阅读 · 0 评论 -
Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error cor通过高度准确和完整的错误校正有效组装纳米孔读数
Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error correction通过高度准确和完整的错误校正有效组装纳米孔读数陈英, 范妮锇, 尚钱西锇, 郑英峰, 戚大, 托马斯·布雷, 耀汪鑫, 建丰兴, 志坚黄, 王德鹏, 丽娟他, 罗峰, 建新王, 刘以智& 肖传乐自然通讯卷12,产品编号:60(2021)引用本文 1887次访问 13高度 ...原创 2021-01-21 17:59:38 · 1003 阅读 · 0 评论 -
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍 PB:光信号,荧光基团结合碱基测序 Nanopore:电信号 优点 无GC偏好性 缺点 错误率较高 有效孔只有三分之一 三代测序组装方法 参考文献:Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data转载 2021-01-14 16:11:14 · 1532 阅读 · 0 评论 -
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法测序中国前天新基因组组装是基因组学最重要的任务之一。三代测序技术(PacBio和Oxford Nanopore)可解决基因组重复区域的组装难题,提高基因组完整性,已成为基因组组装主流技术。其中,纳米孔(Nanopore)测序技术的迅速发展更使得测序成本显著降低,并且由于其可实现超长读长(高达1Mbp),在复杂基因组组装中具有天然优势。然而,目前Nanopore的测序错误分布广泛(10-30%,图1A).原创 2021-01-09 20:09:19 · 833 阅读 · 0 评论 -
HiFi Reads基因组组装:快、准、狠
HiFi Reads基因组组装:快、准、狠贝瑞科服已关注2020.06.01 10:17:11字数 1,671阅读 544最近,关于用HiFi Reads组装的消息不断刷新了我们对基因组组装的认知:高重复高杂合的加州红杉超大基因组组装在两周内完成,而Contig N50也达到了1.92 Mb;基于最新组装算法组装的人基因组同时获得了准确度超99.999%,Contig N50达到77 Mb的结果。HiFi Reads在基因组组装方面为何能做到如此的快、准、狠?下面小贝为您一一揭晓。Hi.原创 2020-12-24 19:42:18 · 1513 阅读 · 1 评论 -
三代组装软件简介
三代组装软件简介原创生信阿拉丁生信阿拉丁5月22日收录于话题#基因组组装6个三代组 装软 件 简 介前言之前给大家简单介绍了pacbio和nanopore测序平台的原理及特点(见Pacbio和Nanopore测序技术之拳王争霸),二者各有千秋,都可以用于基因组denovo测序。在得到三代数据之后,要进行基因组denovo组装。基因组组装主要的算法有:01OLC:Overlap-Layout-Consensus算法...原创 2023-08-22 09:38:02 · 684 阅读 · 0 评论 -
基因组学大牛谈long-read测序
基因组学大牛谈long-read测序首页 » 研究 » 组学 2014-09-16 生物通 赞(2)分享:导读 Mendelspod网站近日发布了一个“Long Read测序的崛起(The Rise of Long Read Sequencing)”的系列访谈。主持人Theral Timpson就long-read测序采访了基因组学领域的一些大牛。第一位受访者是斯坦福大学的Mike Snyder。 网站近日发布了一个“Long Read测序的崛起(The Rise of Long Re...原创 2020-11-30 09:31:06 · 2335 阅读 · 0 评论 -
Improving Illumina assemblies with Hi‐C and long reads: An example with the North African dromedary
Improving Illumina assemblies with Hi‐C and long reads: An example with the North African dromedaryJean P. ElbersMark F. RogersPolina L. PerelmanAnastasia A. ProskuryakovaNatalia A. SerdyukovaWarren E. JohnsonPetr Hori...原创 2020-09-30 16:38:17 · 1503 阅读 · 0 评论 -
Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes
Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes长时间测序技术在复杂细菌基因组杂交组装中的比较作者:Nicola De Maio,Liam P. Shaw,Alasdair Hubbard,Sophie George,Nicholas D. Sanderson,Jeremy Swann,Ryan Wick,Manal AbuOun,Emma Stu原创 2020-09-28 23:28:51 · 130 阅读 · 0 评论 -
分析方法升级&三代测序辅助,优化无参转录组测序策略
分析方法升级&三代测序辅助,优化无参转录组测序策略无参转录组拼接升级Corset 让“基因”概念更准确在无参转录组项目中,利用主流软件 Trinity 进行 De novo 拼接转录本,而后选取最长的转录本作为 unigene 进行后续分析。但是研究表明,完全以 unigene 作为基因的替身,有失恰当。因为,拼接出来的最长转录本会掩盖掉本应真实的较短转录本(基因的 isoform)所具备的参考序列意义。Corset 是 Trinity 官方推荐软件,可对拼接得到的转录本进行过滤和原创 2020-09-21 13:19:37 · 2167 阅读 · 0 评论 -
三代测序之动植物基因组 de novo 测序
三代测序之动植物基因组 de novo 测序2016-05-20编辑:诺禾致源动植物基因组de novo测序产品优势•能对高重复序列、转座子区域与高度变异区等基因组的复杂区域进行高水平组装•Contig N50 和 Scaffold N50 长度更长,组装结果更完整准确•以多种组装策略有效应对复杂基因组组装,结合多组学联合分析,深入挖掘物种生物学亮点研究方案基因组特征 组装策略 测序策略 承诺指标 交付周期 有参物种 三代补...原创 2020-09-21 13:18:38 · 1443 阅读 · 0 评论 -
三代测序之微生物基因组 de novo 测序
三代测序之微生物基因组 de novo 测序2016-05-20编辑:诺禾致源微生物基因组de novo测序产品优势•单分子,长序列,完美跨越细菌全部重复单元•真菌 20Kb 文库,70× 数据组装,组装效果直达准染色体级别•个体比较加进化分析,多角度挖掘基因组编码内涵•多样化的专业后续分析方案,一步到位直奔研究目标研究方案基因组特征 组装策略 测序策略 承诺指标 交付周期 细菌完成图 全三代数据组装 50× 以...原创 2020-09-21 13:18:00 · 883 阅读 · 0 评论 -
三代测序之全长转录本
三代测序之全长转录本2016-05-20编辑:诺禾致源全长转录本产品优势•直接获得 mRNA 全长序列及完整结构信息•对无参物种,彻底解决拼接较短、信息不完整难题•对有参物种,可获得更精确的可变剪切(AS)、表达定量等信息研究方案全长转录本测序结合二代测序,精准完成有参、无参转录组定量及结构分析,如图6。图6 测序及分析流程研究案例二代联合三代测序深入解析丹参根组织中转录本结构及表达水平信息丹参为重要的药用植物,根部入药,研究其根部基因转录组...原创 2020-09-21 13:17:22 · 2467 阅读 · 0 评论 -
三代测序让基因组学、转录组学研究别开生面
三代测序让基因组学、转录组学研究别开生面SMRT 技术原理单分子实时测序(Single Molecule Real-Time,SMRT)技术建立在零模波导孔(Zero-Mode Wavegu-ides,ZMWs)和荧光标记核苷酸3′端磷酸(利于维持 DNA 链连续合成)两项核心手段上,无需模板扩增,且具有超长读长。在进行 SMRT 时,DNA 聚合酶被固定在 ZMW 底部,与单个 DNA 模板分子结合。4种不同荧光标记的碱基(dNTP)通过布朗运动随机进入检测区域并进行碱基配对,与模板配对的碱基生成原创 2020-09-21 13:16:35 · 647 阅读 · 0 评论 -
二代测序组装PK三代测序组装
二代测序组装PK三代测序组装2016-07-29编辑:诺禾致源三代Pacbio测序技术以其长读长,无需扩增,无GC偏好性等优势成为de novo组装的新宠儿。然而,Pacbio测序成本依然很高,并且Pacbio测序错误率较高,需要较高的深度的测序来修正自身错误率,高深度测序就意味着高成本。是否有更高性价比的方法得到更好的结果?组装技术介绍近期研究人员开发出一种新的组装方法,将二代测序Illumina的short-reads与10X Genomics公司研发的linked...原创 2020-09-21 13:15:46 · 1225 阅读 · 0 评论 -
三代测序技术简介
三代测序技术简介什么是三代测序三代测序是指单分子测序技术(Single Molecule Real- Time, SMRT),在测序过程中不需要涉及PCR扩增,不仅实现了每一条DNA分子的单独测序,并且避免了潜在的PCR扩增错误和偏好性。目前,三代测序技术原理分为单分子荧光测序和纳米孔测序两大阵营,其代表公司分别为Pacific Bioscience和Oxford Nanopore Technologies。现在市场接受度和使用度最高的是Pacific Bioscience三代测序仪,其SMRT技原创 2020-09-21 13:13:21 · 3809 阅读 · 0 评论 -
High throughput, error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing
High throughput, error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencingPUBLICATIONDate:12th August 2020 |Source:Nature CommunicationsAuthors:Kevin Lebrigand, Virginie Magnone, Pascal Barbry, Rainer Waldmann.Droplet-based high throughput ...原创 2020-09-21 13:11:47 · 212 阅读 · 0 评论 -
Ratatosk - Hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assembly
Ratatosk - Hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assemblyDate:15th July 2020 |Source:BioRxivAuthors:Guillaume Holley, Doruk Beyter, Helga Ingimundardottir, Snædis Kristmundsdottir, Hannes Pétur Eggertsson, Bjarn...原创 2020-09-21 13:04:09 · 309 阅读 · 0 评论 -
SMAT,PacBio
SMAT,PACbioCs_mary2017-03-22 11:48:45744收藏分类专栏:BioInfo版权PacBio PacBio测序平台基于其独特的单分子实时测序技术(Single Molecule Real Time,SMRT),通过其超长读长,均一的覆盖度,高度的一致性准及确性提供无与伦比的遗传信息深度解析。该技术帮助科学家获得超越碎片化的基因组草图,得到最完整的从头组装结果,已经使许多极富挑战性的基因组学研究成为可能。Pacific Biosciences...原创 2020-08-29 16:19:31 · 207 阅读 · 0 评论 -
第三代基因组测序与拼接 Genome Assembly for Third-Generation Sequencing
Title:Genome Assembly for Third-Generation Sequencing题目:第三代基因组测序与拼接Abstract: The recent breakthroughs in assembling long error-prone reads (generated by third-generation sequencing) were based on ...原创 2019-12-12 17:23:49 · 1348 阅读 · 0 评论 -
Genomes correction and assembling - Present methods and tools
Genomes correction and assembling - Present methods and tools基因组校正和组装-现有的方法和工具摘要新一代测序(NGS)技术的迅速发展对基因组学研究领域产生了重大影响,使许多以前受技术成本限制的新物种测序项目得以实施。随着NGS的发展,需要对装配程序进行调整。新算法必须在合理的时间限制内处理大量的数据计算,处理能力和硬件也是一...原创 2019-12-11 19:48:14 · 410 阅读 · 0 评论 -
LoRDEC hybrid error corrected read usage
Hi,I am trying a donovo assembly of a reptilian genome (size comparable to humans) with ALLPATHS-LG. I have two illumina libraries paired-end and mate-pairs. In addition to it, I have a pacbio libra...原创 2019-12-04 16:53:21 · 118 阅读 · 0 评论