生物信息小知识_1_reads.contigs.scaffolds...

最新推荐文章于 2024-01-02 09:57:33 发布
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生物信息小知识_1_reads.contigs.scaffolds...

 
read ：（专业：）高通量测序时，在芯片上的每个反应都会读出相应的一条序列，是比较短的，叫read。
（理解：）reads是原始的数据；raw_reads是测出来的未被clean的reads；raw_reads（raw_data）经过clean之后就变成了clean_reads（clean_data）。
contig：（专业：）很多的reads通过重叠片段（overlap），能够组装成一个更大的片段，这个更大的片段就是contig。
（理解：）通过软件／或其他工具，把有overlap的reads整合到一起，形成的较长序列，就得到了（有 overlap的readsÿ
最低0.47元/天 解锁文章
生物信息分析中的reads是什么
wangprince2017
09-26 4万+
​由于受目前测序水平的限制，基因组测序时需要先将基因组打断成DNA片段，然后再建库测序。reads（读长）指的是测序仪单次测序所得到的碱基序列，也就是一连串的ATCGGGTA之类的，它不是基因组中的组成。不同的测序仪器，reads长度不一样。对整个基因组进行测序，就会产生成百上千万的reads。 测序得到的原始图像数据经 base calling 转化为序列数据，我们称之为raw data或raw reads，结果以 fastq 文件格式存储， fastq 文件为用户得到的最原始文件，里面存储...
高通量测序中的reads、contig、scaffold
m0_60609261的博客
08-01 8391
高通量测序、reads、contig、scaffold
高通量测序中，reads、contigs、scaffold之间的联系
weixin_30675247的博客
09-10 3084
read：测序时，产生的较短的原始序列叫read contigs：有多个reads通过片段的重叠，组装成一个更大的read，称为contigs scaffold：多个contigs通过片段的重叠拼接成更长的scaffold； 从上面的解释来看，可以发现这些命名应该比价常出现在de novo拼接当中。 一个contigs组装之后，鉴定发现是编码蛋白的基因，就叫做singleton scaf...
拼接(  read----contigs)和组装(contigs---Scaffolds)
wangprince2017
05-23 1万+
DNA是生物体遗传信息的主要载体，高质量的基因组参考序列是现代遗传学、分子生物学等现代生物学科的重要基础。 因此，基因组测序对探索与认识生命本质等基础生物科学研究、人类重要遗传病防治及动植物遗传育种等应用性研究均具有十分重要的意义。 基于二代测序技术，又称下一代测序技术（Next generation sequencing，NGS）的全基因组测序工程一般包含两个部分： 拼接和组装， ...
生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记
热门推荐
twocanis的博客
11-25 1万+
文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码RNA小RNA共线性分析在线序列分析序列比对数据下载 前言 根据B站教程生物信息快速入门边自学边随手记的笔记，省略了开头几节测序原理以及数据质控，在之前的文章中有粗略提过该部分。 目前我自己理解的大致流程基本就是 测序——质控——比对拼接（contig、scaffol、mappingd
SOAPdenovo-v1.03.gz_SOAPdeno_SOAPdenovo_soapdenovo download_soap
09-23
它通过将短序列比对、错误修正和图形构建等步骤，将看似无序的短reads组装成连续的基因组片段，即contigs或scaffolds。 SOAPdenovo的核心算法基于De Bruijn图，这是一种用边连接k-mer（固定长度的连续子串）的图...
trinity运行原理及常见报错（三）
niuhuihui_fei的博客
05-27 3890
trinity运行原理及常见报错 Chrysalis
基因组组装与注释流程 .ppt
12-01
基因组组装是将测序得到的短片段（reads）拼接成连续的序列，形成contigs和scaffolds的过程。组装流程主要包括： 1. Reads校正：使用软件如Hifi或CCS对三代测序数据进行校正，减少错误。 2. 初步组装：Canu等组装...
生信知识与软件小结：BWA、wtdbg
BaldStrong's Log Cabin
10-05 4516
三代组装软件:canu、smartdenovo、wtdbg 三代矫正软件:Racon、Nanopolish Falcon： 一个实验性的二倍体组装工具，测试multi Gb genomes。 Canu ：Celera Assembler的一个分支，专门用于高噪音单分子测序。 blast ：的全称是 basic local alignment search tool 是一种极其常见的序列比对工具。其...
测序相关专有名词
yearstime的博客
03-22 3167
测序相关知识
纯二代测序从头组装基因组
weixin_33737774的博客
03-09 4080
基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长度的大片段(mate-pair)文库，将原本孤立的c...
三代测序数据或长contigs的纠错和基因组组装工具的安装方法和详细使用方法
zrc_xiaoguo的博客
01-02 2009
Canu是一种用于长读长contigs的纠错和基因组组装工具。它最初是为了处理PacBio等第三代测序技术产生的长读长DNA测序数据而设计的。更近期，Canu也开始支持Oxford Nanopore等其他长读长测序技术。Canu的目标是通过利用长读长测序数据，提供高质量的基因组组装结果。它的设计思路是以自我校正（self-correction）为基础的组装方法。
5.实用干货-你可能没留意的几个生信基础
rojyang的博客
06-21 1514
比如 2.0M 的 Panel Size，下机数据量1.0G，有50%数据落在目标区域（on target），50%为重复序列，那么其测序深度为500X （1.0G/2.0M）,有效深度仅为125X（1G*50%*50%/2.0M）比如一个肿瘤panel测序， panel 的 size 为 2.0M，1.98M 的区域至少覆盖1X深度， 那么覆盖度是1.98/2=99%的话，那么还有1%的序列区域是没有通过测序获得的，Gap就是1%。不等同于测序深度，是指可信的去除重复序列（dup）后目标区域的平均深度。
测序简史
weixin_30378623的博客
10-19 1033
测序简史 一代 二代测序 三代测序 一文从一代到最新的测序技术，希望能够帮助你。 序 这几天天气很热，热的人心惶惶。因此一直提上日程的所谓的测序简史，也没有时间去好好的落实。中途找过一个行业内的颇有影响力的人，但是他由于种种原因，也没有能踏踏实实的去做这件事情。几经周折，这个任务还是落到了我自己的肩上。 于是乎，我鼓鼓勇气，尝试着去把这段从1977年到20...
基因组组装（assembly）
hgz2020的博客
09-21 8911
Genome assembly
高通量测序领域常用名词解释
Doris_xixi的博客
08-23 3262
高通量测序 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又...
基因组组装结果质量评估
weixin_33958366的博客
07-27 5382
参考：【干货】基因组组装你了解多少？ -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN50和scaffoldN50是第一指标，即contig/ scaffoldN50：将contig/scaffold长度从长到短进行排序并累加，当累加和达到contig/scaffold总长度的50%的时候，最后参与加和的那一条...
生物信息学常用名词解释
小山羊的学习日志
05-07 3417
学习笔记，仅供参考 参考自：生物信息学常用名词解释1; 生物信息学常用名词解释2; 生物信息学常用名词解释3; 生物信息学常用名词解释5; 生物信息学常用名词解释6 名词解释 生物信息学（bioinformatics） 综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。 基因组（genome) 是指一个物种的单倍体的染色体数目，又称染色体组。它包含了该
NGS基础知识
光尘的博客
09-20 1万+
高通量测序 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变，一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称...
微生物高通量原始数据分析
最新发布
12-29
### 微生物高通量测序数据处理方法和工具 #### 数据预处理 在进行任何深入的数据分析之前，原始测序文件通常需要经过一系列预处理步骤来提高后续分析的质量。这包括去除低质量碱基、适配器污染和其他可能影响结果的因素。 对于微生物群落的研究来说，过滤掉宿主DNA是非常重要的一步。可以采用专门设计的人类或其他宿主物种的参考数据库来进行比对筛选[^1]。常用的软件工具有Trimmomatic, Fastp等用于清理FASTQ格式的reads；Bowtie2 或者 BWA 可以用来映射到宿主基因组上从而排除这些非目标序列[^4]。 ```bash trimmomatic PE -threads 8 \ input_R1.fastq.gz input_R2.fastq.gz \ output_forward_paired.fq output_forward_unpaired.fq \ output_reverse_paired.fq output_reverse_unpaired.fq \ ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 ``` #### 序列组装与分类鉴定 由于单次读取长度有限，在某些情况下还需要将多个重叠的小片段重新组合成更完整的contigs甚至scaffolds。MetaSPAdes 是一种广泛使用的宏基因组de novo 组装工具，它能够有效地处理来自不同环境样品中的复杂混合物。 一旦获得了高质量的装配体之后，则可以通过BLASTN/SWAPR 对其功能特性做出初步预测，并借助于Greengenes, SILVA rRNA Database Collection 和 NCBI nt/nr库实现精确至属级乃至种级别的分类学归属判断[^2]。 ```python from Bio.Blast import NCBIWWW result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", sequence) with open("output.xml", "w") as out_handle: out_handle.write(result_handle.read()) ``` #### 功能注释及差异丰度分析 为了理解各个操作分类单元（OTUs）所代表的具体生物学意义，往往还需进一步挖掘它们潜在的功能角色。KEGG Orthology (KO), COG/NOG clusters of orthologous groups 提供了一个很好的平台去探索未知世界里蕴藏的秘密[^3]. 当涉及到比较两组或多组样本之间的区别时，DESeq2, edgeR 这样的包可以帮助识别显著变化的趋势并评估统计学上的重要性水平。此外，lefse 工具还可以直观展示出哪些特征最能区分不同的实验条件或疾病状态。 ```r library(DESeq2) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = counts, colData = metadata, design= ~ condition) dds <- DESeq(dds) res <- results(dds) write.csv(as.data.frame(res), file="deseq_results.csv") ```
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