三代测序之动植物基因组 de novo 测序

三代测序之动植物基因组 de novo 测序

2016-05-20    编辑：诺禾致源

动植物基因组 de novo 测序

产品优势

• 能对高重复序列、转座子区域与高度变异区等基因组的复杂区域进行高水平组装

• Contig N50 和 Scaffold N50 长度更长，组装结果更完整准确

• 以多种组装策略有效应对复杂基因组组装，结合多组学联合分析，深入挖掘物种生物学亮点

研究方案

基因组特征	组装策略	测序策略	承诺指标	交付周期
有参物种	三代补洞	三代（10×）	Contig N50 提升一倍	测序及组装周期，根据总数据量规模而定
简单基因组	二代加三代 混合拼接	二代（100×）+ 三代（20×）	Contig N50≥100Kb， Scaffold N50≥1Mb Scaffold N50 ≥4Mb （鸟和哺乳动物）
复杂基因组		二代（200×）+ 三代（20×）	Contig N50≥60Kb， Scaffold N50≥500Kb
简单基因组	全三代拼接	三代（70×）	Contig N50≥1Mb
复杂基因组		三代（70×）	Contig N50≥200Kb

研究案例

大猩猩基因组（Science, 2016）

测序策略

72× PacBio 数据构建 Contig；

结合 BAC-end 和 Fosmid-end 数据构建Scaffold

组装结果（如图2）

总长：3.1Gb；Contig N50: 9.6Mb；

Scaffold N50: 23.1Mb

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复活草基因组（Nature, 2015）

测序策略

72× PacBio 数据构建 Contig；

结合220×的 BioNano 光学图谱数据构建 Scaffold

组装结果（如图3）

总长：244Mb；Contig N50: 2.4Mb；

Scaffold N50: 7.1Mb

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图2 大猩猩基因组组装

图3 复活草基因组复杂区域组装