三代测序之动植物基因组 de novo 测序

三代测序之动植物基因组 de novo 测序

2016-05-20    编辑:诺禾致源

动植物基因组 de novo 测序

产品优势

• 能对高重复序列、转座子区域与高度变异区等基因组的复杂区域进行高水平组装

• Contig N50 和 Scaffold N50 长度更长,组装结果更完整准确

• 以多种组装策略有效应对复杂基因组组装,结合多组学联合分析,深入挖掘物种生物学亮点

研究方案

基因组特征组装策略测序策略承诺指标交付周期
有参物种三代补洞三代(10×)Contig N50 提升一倍

测序及组装周期,根据总数据量规模而定

 

简单基因组二代加三代
混合拼接
二代(100×)+
三代(20×)
Contig N50≥100Kb,
Scaffold N50≥1Mb
Scaffold N50 ≥4Mb
(鸟和哺乳动物)
复杂基因组二代(200×)+
三代(20×)
Contig N50≥60Kb,
Scaffold N50≥500Kb
简单基因组全三代拼接三代(70×)Contig N50≥1Mb
复杂基因组三代(70×)Contig N50≥200Kb

研究案例

大猩猩基因组(Science, 2016)

测序策略

72× PacBio 数据构建 Contig;

结合 BAC-end 和 Fosmid-end 数据构建Scaffold

组装结果(如图2)

总长:3.1Gb;Contig N50: 9.6Mb;

Scaffold N50: 23.1Mb

阅读原文>>

复活草基因组(Nature, 2015)

测序策略

72× PacBio 数据构建 Contig;

结合220×的 BioNano 光学图谱数据构建 Scaffold

组装结果(如图3)

总长:244Mb;Contig N50: 2.4Mb;

Scaffold N50: 7.1Mb

阅读原文>>

图2 大猩猩基因组组装

图3 复活草基因组复杂区域组装

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