三代测序之微生物基因组 de novo 测序

三代测序之微生物基因组 de novo 测序

2016-05-20    编辑：诺禾致源

微生物基因组 de novo 测序

产品优势

• 单分子，长序列，完美跨越细菌全部重复单元

• 真菌 20Kb 文库，70× 数据组装，组装效果直达准染色体级别

• 个体比较加进化分析，多角度挖掘基因组编码内涵

• 多样化的专业后续分析方案，一步到位直奔研究目标

研究方案

基因组特征	组装策略	测序策略	承诺指标	交付周期
细菌完成图	全三代数据组装	50× 以上三代数据	1 Scaffold,0 Gap	60个自然日
真菌精细图	二代 Survey + 三代数据组装	70× 三代数据 + 20× 二代数据	Contig N50≥1Mb（简单真菌） Contig N50≥500Kb（复杂真菌）	75个自然日

研究案例

单分子实时测序技术绘制结核分枝杆菌复合群甲基化图谱

结核分枝杆菌复合群（MTBC）引起的肺结核是遗留的最常见的感染性疾病之一。作者利用单分子实时测序技术完成了来自 MTBC 不同谱系12个菌株的基因组测序和甲基化位点解析（如图4）。

图4 三代修饰图在细菌基因组中的应用

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甘蔗鞭黑粉菌完成图及其与甘蔗的互作转录组

甘蔗鞭黑粉菌是甘蔗的一种常见真菌病原体，作者使用 PacBio 测序平台对菌株进行测序，组装至59条 Contig 的准染色体级别，并基于近缘参考基因组构建了菌株的染色体序列（如图5）。

图5 三代真菌准染色体组装案例

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