UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备

UCSF DOCK6.8对接教程

        DOCK6 是UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请，申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。

DOCK6.8安装

UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件：点击打开链接

准备蛋白质分子的表面文件（Chimera）

打开rec_noH.pdb，Action>Surface>show
Tools>Structure Editing>Write DMS ，保存为rec.dms

生成受体空间（DOCK6.8)

将INSPH文件放入对接文件夹；

INSPH

rec.dms
R
X
0.0
4.0
1.4
rec.sph

终端输入sphgen，生成OUTSPH和rec.sph