rna聚类分析_单细胞聚类分析之resolution选择

最新推荐文章于 2025-02-22 19:31:13 发布
最新推荐文章于 2025-02-22 19:31:13 发布
阅读量5.2k 收藏 5
点赞数 1
文章标签： rna聚类分析
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_33957278/article/details/112198162
版权
单细胞聚类分析中的分辨率参数影响亚群划分，选择合适的分辨率至关重要。桑基图能直观展示不同分辨率下细胞亚群转换关系。随着分辨率增大，亚群数量增加，通过对比可以理解细胞群体的变化。了解这些有助于优化单细胞分析，并在年末活动中获取更多科研福利。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

8b539054ad3fcca334797ecc55e999d6.gif

05967e2ee8df0a6265adf4ee285af7a7.gif

年末促销倒计时：50天

百迈客推出年末活动促销，发文有礼、推广有礼以及多种产品钜惠来袭，百迈客为您倾情打造科研福利，您还在等什么？快快行动起来领取您的超级奖励吧！(详情请见“决战2020！品类全，力度大，仅此一次！”)

396b1c59facc0e4fed29985e93621181.png

单细胞亚群鉴定过程中 resolution 参数至关重要。resolution 参数不同，细胞聚类得到的亚群数目也会有所不同。那么，不同参数下细胞 cluster 之间的转换关系是怎样的呢？我们又该怎么选择 resolution？目前对于 resolution 参数的选择还没有一个明确的指标，但是我们可以通过不同的形式展现不同 resolution 下细胞亚群之间的转

最低0.47元/天 解锁文章
Lucky 龙
关注
单细胞数据分析（三）：单细胞聚类分析
专注生信领域
10-29 857
本文介绍了单细胞聚类分析的基本概念及其在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用。单细胞聚类分析通过将具有相似基因表达模式的细胞分组到不同的簇中，帮助识别细胞类型、状态和功能。文章详细展示了使用R语言中的Seurat包进行单细胞数据聚类分析的步骤，包括数据加载、降维、聚类和结果可视化。通过FindNeighbors和FindClusters函数，文章展示了如何基于降维数据进行细胞聚类，并选择合适的分辨率值。
生信初学者教程（二十九）：单细胞聚类分析
专注生信领域
10-11 403
生信初学者教程（二十九）：单细胞聚类分析
10X单细胞转录组测序—resolution确定
lz2105的博客
07-20 461
在进行单细胞降维分析时，resolution值的确定会影响亚群数的多少，但最开始分析的时候不知道亚群数最佳为多少，可通过一些分析结果进行确定。
单细胞聚类，究竟聚类聚成多少类比较合适？全代码分享
生信小博士的博客
10-25 2462
关注微信：生信小博士选择最优聚类有多种方式，今天着重于。
单细胞实战之亚细胞分群从T/NK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1）
zfyyzhys的博客
02-22 2164
亚细胞分群从T/NK至CD4+T细胞
clustree确定多少个cluster 画距离 分群 聚类最优 opt_cluster resolution调整
生信小博士的博客
04-01 1170
clustree确定多少个cluster DefaultAssay(lung) DefaultAssay(lung)<-“RNA” lung<-lung %>% Seurat::NormalizeData(verbose = FALSE) %>% FindVariableFeatures(selection.method = “vst”, nfeatures = 2000) %>% ScaleData(verbose = FALSE) %>% RunPCA(npcs =
带你玩转单细胞—单细胞基础分析（质控、标准化、降维聚类）
weixin_55805171的博客
01-20 1850
当我们把原始的单细胞表达量矩阵读取到R语言并使用Seurat将它转化成object之后，后续要做的就是“套路”样式的基础分析。
单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型（ACC脑区）
热门推荐
weixin_40640700的博客
03-12 1万+
因项目的需求，需要对数据进行简单的分类，然后找差异表达基因。 虽然我自知自己在这个过程中的很多方面并不理解透彻，很糊涂的去做。但是我愿意去尝试完成。 现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。 参考链接：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 1、加载分析必须的包 library(Seurat) library(dplyr) library(patchwork) 2、加载10XGenomics 数据 data<-.
rna聚类分析_scRNA-seq入门——第七章 聚类分析
weixin_39890633的博客
12-19 2280
现在我们已经聚合了高质量的细胞，我们想知道我们的细胞群体中存在的不同细胞类型。目标：生成细胞类型特征群，并利用已知的细胞类型标记基因确定群的身份确定类群代表真正的细胞类型，还是由于生物学或技术变异而产生，如细胞周期S期的细胞群，特定批次的细胞群，或线粒体含量高的细胞群。面临的挑战：识别可能是由于无意义的生物或技术变异导致的低质量聚类确定每个群的细胞类型保持耐心，因为这可能是一个从聚类到标记识别之间...
【单细胞分析】P2.5、聚类，筛选marker基因，可视化
weixin_47855187的博客
04-14 5245
「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=8 #5.1 聚类 pc.num=1:20 #基于PCA数据 scRNA <- FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) # dims参数，需要指定哪些pc轴用于分析；这里利用上面的分析，选择20 scRNA <- FindClusters(scRNA, resolution = 0.5)
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
LittleComputerRobot的博客
04-21 2421
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
clustree:以不同的分辨率可视化群集
05-15
克劳斯特里 在进行聚类分析时，决定使用哪种分辨率可能是一个难题。 解决此问题的一种方法是查看样本如何随着簇数的增加而移动。 该软件包允许您生成聚类树，这是一种可视化的视图，用于在分辨率提高时询问聚类。 安装 您可以使用以下方法从CRAN安装clustree的发行版： install.packages( " clustree " ) 如果要使用可以使用remotes软件包从GitHub安装的开发版本，请执行以下操作： # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " lazappi/clustree@develop " ) 要构建小插图，请使用： # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " lazappi/clustree@develo
单细胞分析：细胞聚类（十）
冷冻工厂
11-20 3711
导读 前面我们已经整合了高质量的细胞，现在我们想知道细胞群中存在的不同细胞类型 ，因此下面将进行细胞聚类分析。 全部流程 学习目标 描述评估用于聚类的主成分数量的方法 根据重要的主成分对细胞进行聚类 1. 目标 生成特定细胞类型的簇并使用已知细胞类型的标记基因来鉴定簇的身份。 确定簇是否代表真正的细胞类型或是由于生物学或技术变异而产生的簇，例如细胞周期 S 期的细胞簇、特定批次的簇或具有高线粒体含量的细胞簇。 2. 挑战 生物或技术问题可能会导致鉴定出质量差的簇识别每个簇的细胞类型需要保持耐心，因
R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图
weixin_54434521的博客
02-21 4448
DimPlot(b, reduction = "umap",label = TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4") 还可以根据ident画图等等
Seurat识别细胞类群的原理（FindNeighbors和FindClusters）
weixin_53637133的博客
04-21 2162
Seurat识别细胞类群的原理（FindNeighbors和FindClusters）
R语言中聚类过程 可视化
Mrrunsen的博客
10-03 1742
今天给大家介绍一款进行聚类分析结果可视化的工具clustree。K-mean聚类大家都了解，是可以对优化的K进行选择的算法，那不是最优的k具体情况是否我们也可以进行展示出来，供大家进行更细致的评估？今天这个工具就具有这样的功能，同时在单细胞亚群分析中更是用的风生水起。图中，节点代表的是亚群，大小代表亚群中的个体数量；边代表的是随着K增加亚群的分布变化，颜色深浅代表的是具体变化的个体数量、比例。节点的颜色代表的K的值。从图中可以看出来有一个亚群是一直独立的，说明此亚群是比较稳定的。
clustree 项目使用教程
gitblog_00393的博客
08-16 1283
clustree 项目使用教程 clustreeVisualise Clusterings at Different Resolutions项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cl/clustree 项目介绍 clustree 是一个用于可视化不同分辨率下聚类结果的 R 包。它通过构建聚类树来展示细胞在不同聚类分辨率下的移动情况，帮助研究者选择合适的聚类数目。...
clustree开源项目安装与使用指南
gitblog_00888的博客
08-16 976
clustree开源项目安装与使用指南 clustreeVisualise Clusterings at Different Resolutions项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cl/clustree 1. 项目目录结构及介绍 clustree是一个用于R语言的包，专为可视化不同分辨率下的聚类结果设计。虽然提供的GitHub链接不直接展示完整的目录结构，...
**探索集群的奥秘：clustree项目解析与推荐**
gitblog_00079的博客
06-02 403
探索集群的奥秘：clustree项目解析与推荐 clustreeVisualise Clusterings at Different Resolutions项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cl/clustree 在复杂数据分析的旅程中，集群分析常常是解锁数据内在结构的关键步骤。然而，决定最佳的集群数量一直是一个挑战。今天，我们向您推荐一款高效且直观的R语言...
R语言分析单细胞测序
最新发布
03-20
<think>好的，我现在要帮助用户了解如何使用R语言进行单细胞测序数据分析。首先，我需要回忆一下单细胞测序分析的基本流程和相关工具包。记得Seurat是常用的R包，还有Bioconductor的一些工具，比如SingleCellExperiment。用户可能想从数据预处理到最终可视化的整个流程，所以我得一步步拆解。 首先，用户可能需要安装必要的工具包。这时候要列出常用的包，比如Seurat、dplyr、ggplot2，还有Bioconductor的安装方法。需要确认这些包的最新版本和安装命令是否正确，避免用户遇到问题。 接下来是数据导入。单细胞数据通常来自10X Genomics，所以需要说明如何用Read10X函数读取数据，并创建Seurat对象。这里要确保路径正确，提醒用户注意文件路径的问题。 然后是数据预处理，包括质控、归一化、特征选择和降维。质控部分需要提到线粒体基因比例的计算，如何过滤低质量的细胞。归一化可能用LogNormalize，特征选择用FindVariableFeatures，降维用PCA，接着是UMAP或t-SNE。这些步骤的顺序和参数设置需要准确，比如nfeatures设为2000，npcs=50可能常见，但可能需要根据数据调整。 然后是细胞聚类，使用FindNeighbors和FindClusters函数，这里的分辨率参数会影响聚类数目，可能需要用户自己调整。之后是差异表达分析，用FindAllMarkers来找每个群的标记基因，并提到常用的基因如线粒体基因作为质控指标。 可视化部分，UMAP图、热图和特征图都是常用的，需要给出具体的代码示例，比如DimPlot、DoHeatmap和FeaturePlot的使用方法。热图部分可以引用用户提供的资料中的内容，比如使用计算亲和力矩阵的方法，这里结合引用[3]。 最后，高级分析部分，比如拟时序分析，需要提到monocle3包，以及细胞类型注释的方法，比如用SingleR或手动标记。整合多组学数据可能涉及引用[2]中的多模态分析，比如RNA速度和多组学因子分析，所以需要提到这些未来的方向。 教程资源部分，要推荐官方文档和知名社区，比如Satija Lab的教程和Bioconductor的课程，确保用户有进一步学习的资料。 在问题生成部分，需要围绕用户可能的后续疑问，比如数据预处理的具体步骤、聚类参数调整、工具包比较、可视化方法以及多组学整合，这些都能帮助用户深入理解。 需要检查每个步骤的代码是否正确，比如Seurat的版本是否兼容，函数名是否有变化。比如，Seurat v3之后的一些函数可能有变动，比如NormalizeData默认方法是否是LogNormalize，是否需要SCTransform替代。但用户可能使用的是基础流程，所以保持简单。 还要注意引用标记，比如在提到热图时引用[3]，在整合多组学部分引用[2]，以及在分析流程中提到实验设计时引用[1]。确保引用位置自然，不打断内容流畅。 最后，确保语言口语化，避免术语堆砌，逐步引导用户完成整个分析流程，并提示可能遇到的问题和解决方法，比如数据过滤的阈值选择，参数调整的影响等。</think>以下是如何使用R语言进行单细胞测序数据分析的详细指南，结合生物信息学工具包和实际代码示例： ### 一、工具包准备 常用R语言工具包： - `Seurat`：单细胞数据分析核心工具，支持数据预处理、降维、聚类和可视化[^1] - `SingleCellExperiment`：Bioconductor生态系统中的标准化数据容器 - `scater`/`scran`：提供单细胞特异性统计分析方法 - `monocle3`：用于拟时序分析 ```r # 安装命令示例 install.packages("Seurat") BiocManager::install("SingleCellExperiment") ``` ### 二、数据加载与预处理 1. **数据导入** ```r library(Seurat) # 读取10X Genomics数据 pbmc.data <- Read10X(data.dir = "filtered_gene_bc_matrices/hg19/") pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k") ``` 2. **质量控制** ```r pbmc[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = "^MT-") pbmc <- subset(pbmc, subset = nFeature_RNA > 200 & nFeature_RNA < 2500 & percent.mt < 5) ``` 3. **数据标准化** ```r pbmc <- NormalizeData(pbmc, normalization.method = "LogNormalize", scale.factor = 10000) ``` ### 三、特征选择与降维 ```r pbmc <- FindVariableFeatures(pbmc, selection.method = "vst", nfeatures = 2000) pbmc <- ScaleData(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc, npcs = 50) pbmc <- RunUMAP(pbmc, dims = 1:30) ``` ### 四、细胞聚类分析 ```r pbmc <- FindNeighbors(pbmc, dims = 1:30) pbmc <- FindClusters(pbmc, resolution = 0.5) DimPlot(pbmc, reduction = "umap") ``` ### 五、差异表达分析 ```r cluster_markers <- FindAllMarkers(pbmc, only.pos = TRUE, min.pct = 0.25) top10 <- cluster_markers %>% group_by(cluster) %>% top_n(n = 10, wt = avg_log2FC) DoHeatmap(pbmc, features = top10$gene) + NoLegend() ``` ### 六、高级分析（引用[2]技术） 1. **拟时序分析** ```r library(monocle3) cds <- new_cell_data_set(expression_matrix = GetAssayData(pbmc)) cds <- preprocess_cds(cds, num_dim = 30) cds <- reduce_dimension(cds) cds <- cluster_cells(cds) cds <- learn_graph(cds) ``` 2. **多组学整合**（基于引用[2]的方法） ```r # 使用Seurat v5的多模态整合功能 multiome <- merge(pbmc_rna, pbmc_atac) multiome <- FindMultiModalNeighbors(multiome) ``` ### 七、可视化技术（引用[3]热图应用） ```r FeaturePlot(pbmc, features = c("MS4A1", "GNLY", "CD3E")) VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "percent.mt")) ``` ### 八、教程资源推荐 1. Seurat官方教程：https://satijalab.org/seurat/ 2. Bioconductor单细胞课程：https://bioconductor.org/help/course-materials/ 3. 10X Genomics官方分析指南：https://support.10xgenomics.com/
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值