rna聚类分析_单细胞聚类分析之resolution选择

最新推荐文章于 2024-10-11 15:24:08 发布
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单细胞聚类分析中的分辨率参数影响亚群划分，选择合适的分辨率至关重要。桑基图能直观展示不同分辨率下细胞亚群转换关系。随着分辨率增大，亚群数量增加，通过对比可以理解细胞群体的变化。了解这些有助于优化单细胞分析，并在年末活动中获取更多科研福利。
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单细胞亚群鉴定过程中 resolution 参数至关重要。resolution 参数不同，细胞聚类得到的亚群数目也会有所不同。那么，不同参数下细胞 cluster 之间的转换关系是怎样的呢？我们又该怎么选择 resolution？目前对于 resolution 参数的选择还没有一个明确的指标，但是我们可以通过不同的形式展现不同 resolution 下细胞亚群之间的转

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单细胞聚类，究竟聚类聚成多少类比较合适？全代码分享
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关注微信：生信小博士选择最优聚类有多种方式，今天着重于。
clustree确定多少个cluster 画距离 分群 聚类最优 opt_cluster resolution调整
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clustree确定多少个cluster DefaultAssay(lung) DefaultAssay(lung)<-“RNA” lung<-lung %>% Seurat::NormalizeData(verbose = FALSE) %>% FindVariableFeatures(selection.method = “vst”, nfeatures = 2000) %>% ScaleData(verbose = FALSE) %>% RunPCA(npcs =
clustree开源项目安装与使用指南
gitblog_00888的博客
08-16 706
clustree开源项目安装与使用指南 clustreeVisualise Clusterings at Different Resolutions项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cl/clustree 1. 项目目录结构及介绍 clustree是一个用于R语言的包，专为可视化不同分辨率下的聚类结果设计。虽然提供的GitHub链接不直接展示完整的目录结构，...
单细胞分析：细胞聚类（十）
冷冻工厂
11-20 3036
导读 前面我们已经整合了高质量的细胞，现在我们想知道细胞群中存在的不同细胞类型 ，因此下面将进行细胞聚类分析。 全部流程 学习目标 描述评估用于聚类的主成分数量的方法 根据重要的主成分对细胞进行聚类 1. 目标 生成特定细胞类型的簇并使用已知细胞类型的标记基因来鉴定簇的身份。 确定簇是否代表真正的细胞类型或是由于生物学或技术变异而产生的簇，例如细胞周期 S 期的细胞簇、特定批次的簇或具有高线粒体含量的细胞簇。 2. 挑战 生物或技术问题可能会导致鉴定出质量差的簇识别每个簇的细胞类型需要保持耐心，因
R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图
weixin_54434521的博客
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DimPlot(b, reduction = "umap",label = TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4") 还可以根据ident画图等等
Seurat识别细胞类群的原理（FindNeighbors和FindClusters）
weixin_53637133的博客
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rna聚类分析_scRNA-seq入门——第七章 聚类分析
weixin_39890633的博客
12-19 2177
现在我们已经聚合了高质量的细胞，我们想知道我们的细胞群体中存在的不同细胞类型。目标：生成细胞类型特征群，并利用已知的细胞类型标记基因确定群的身份确定类群代表真正的细胞类型，还是由于生物学或技术变异而产生，如细胞周期S期的细胞群，特定批次的细胞群，或线粒体含量高的细胞群。面临的挑战：识别可能是由于无意义的生物或技术变异导致的低质量聚类确定每个群的细胞类型保持耐心，因为这可能是一个从聚类到标记识别之间...
【单细胞分析】P2.5、聚类，筛选marker基因，可视化
weixin_47855187的博客
04-14 4945
「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=8 #5.1 聚类 pc.num=1:20 #基于PCA数据 scRNA <- FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) # dims参数，需要指定哪些pc轴用于分析；这里利用上面的分析，选择20 scRNA <- FindClusters(scRNA, resolution = 0.5)
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
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单细胞测序学习笔记（一）——细胞聚类和鉴定
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使用的是10X Genomics 5k Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from a healthy donor (v3 chemistry) Single Cell Gene Expression Dataset by Cell Ranger 3.0.2 的数据 1.保持好习惯，先清空一下环境 rm(list = ls()) 2. 读取下载的数据，文件夹中包括三个文件：1. barcodes.tsv 2. features.tsv ...
生信初学者教程（二十九）：单细胞聚类分析
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clustree:以不同的分辨率可视化群集
05-15
克劳斯特里 在进行聚类分析时，决定使用哪种分辨率可能是一个难题。 解决此问题的一种方法是查看样本如何随着簇数的增加而移动。 该软件包允许您生成聚类树，这是一种可视化的视图，用于在分辨率提高时询问聚类。 安装 您可以使用以下方法从CRAN安装clustree的发行版： install.packages( " clustree " ) 如果要使用可以使用remotes软件包从GitHub安装的开发版本，请执行以下操作： # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " lazappi/clustree@develop " ) 要构建小插图，请使用： # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " lazappi/clustree@develo
R语言中聚类过程 可视化
Mrrunsen的博客
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今天给大家介绍一款进行聚类分析结果可视化的工具clustree。K-mean聚类大家都了解，是可以对优化的K进行选择的算法，那不是最优的k具体情况是否我们也可以进行展示出来，供大家进行更细致的评估？今天这个工具就具有这样的功能，同时在单细胞亚群分析中更是用的风生水起。图中，节点代表的是亚群，大小代表亚群中的个体数量；边代表的是随着K增加亚群的分布变化，颜色深浅代表的是具体变化的个体数量、比例。节点的颜色代表的K的值。从图中可以看出来有一个亚群是一直独立的，说明此亚群是比较稳定的。
clustree 项目使用教程
gitblog_00393的博客
08-16 340
clustree 项目使用教程 clustreeVisualise Clusterings at Different Resolutions项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cl/clustree 项目介绍 clustree 是一个用于可视化不同分辨率下聚类结果的 R 包。它通过构建聚类树来展示细胞在不同聚类分辨率下的移动情况，帮助研究者选择合适的聚类数目。...
10X单细胞转录组测序—resolution确定
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在进行单细胞降维分析时，resolution值的确定会影响亚群数的多少，但最开始分析的时候不知道亚群数最佳为多少，可通过一些分析结果进行确定。
单细胞专题（2） | 亚群细化分析并寻找感兴趣的小亚群
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今天小编带大家来学习下“单细胞个性化分析之细胞亚群继续分群”，相信大多数单细胞转录组的小伙伴都能用到。
Seurat -- Introduction to scRNA-seq integration 跟随学习记录
jiangshandaiyou的博客
04-23 1038
IntegrateLayers(object = sce, method = CCAIntegration, orig.reduction = “pca”, new.reduction = “integrated.cca”）该方法使用PCA和scale.data下面的数据进行学习，产生一个新的降维数据 @reductions$integrated.cca,然后这个降维数据用于后续的构建SNN图和聚类。data 存放了 normalization后的数据。scale.data 数据进行PCA降维。
聚类算法深度详解
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本博客主要内容来自机器之心翻译的机器理解大数据的秘密：聚类算法深度详解。这篇文章是讲解聚类里难得一见的好文章，大家有兴趣可以阅读原文，我这里主要在原文的基础上写一些自己的总结，补充在原文后的括号里。 本文主要介绍了三种聚类方法：K-均值聚类，层次聚类，图团体检测 K均值聚类 何时使用？ 当你事先知道你将找到多少个分组的时候。（这个就比较尴尬了，因为很多情况下，我们并不知道要聚多少个类） 工作方式 ...
单细胞测序技术之研究必看8篇经典综述
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单细胞测序技术之研究必看8篇经典综述 单细胞生物学最近几年是非常热门的话题。在这一领域中，不得不提Single-cell sequencing单细胞测序技术。使不同细胞类型得以精细区分，使得科学家们在单细胞水平进行分子机制研究成为可能。 单细胞测序与普通测序不同在于普通测序所提取的RNA（或DNA）源于样本中的多个细胞，所以普通测序的结果不可避免的会受到不同细胞间异质性（Hete...
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