分子动力学模拟软件_AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐

Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDIA GPU 上的运行速度比仅使用 CPU 的系统快 15 倍，从而使用户运行生物分子模拟的时间从几天缩短到几小时.

（一）Amber分子动力学模拟软件计算特点
Amber分子动力学模拟软件由AmberTools19和Amber18组成，其中：

AmberTools 19（开源的）是由几个独立开发的软件包组成，这些软件包可以单独使用，也可以与Amber18一起使用。该套件还可以用于使用显式水模型或广义Born溶剂模型进行完整的分子动力学模拟，包含：
• Sander：用于分子动力学模拟的主力程序，包括组合的量子力学/分子力学（QM / MM）功能，不支持GPU加速
• tleap and parmed：用于Amber模拟的基本准备工具
• NAB / sff：一种语言环境ÿ