一、Snakemake简介
可以用来写组学(RNA-seq,chip-seq等)上游分析(去接头,比对,计数/call peaks等)流程化代码的工具。它减少代码复写,提高工作效率。
二、基本语法
#定义流程中某个项目的名字,表示一个流程中特定功能的区域
input:
三、snakemake批量处理实例
base_path
![cfffd6319c7978e6060d71f7bc4e8102.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/984954275ad21c888b0bfe1e548c2a1b.jpeg)
三、snakemake文件调用方式
12 -np
![595435b2ef6c64952777b4506af293b9.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/d60c06c938ef23df077793c0577d9961.png)
参考
1、snakemake官方文档
Snakemake - Snakemake 5.24.2 documentationsnakemake.readthedocs.io2、孟叔b站视频:
20190309-使用SnakeMake搭建生信流程_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibiliwww.bilibili.com![98012181170bd314da19ca141ea0d3cd.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/9a621f0bcf387997dfe89a6da79332c7.jpeg)
3、“流程构建 Snakemake使用初步”
流程构建 Snakemake使用初步www.dazhuanlan.com4、“snakemake--我最喜欢的流程管理工具”
snakemake--我最喜欢的流程管理工具www.jianshu.com![df98408b9b0fafc5b5f5aeee2753b665.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/a6f7e50d0255f0db1982df9de34cb6c9.jpeg)
5、“snakemake使用笔记”
snakemake使用笔记www.jianshu.com![8541635b986269214081358a66725ae6.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/6f64b13a9118e34b18c87705140fc471.jpeg)