如何查询一个基因和某一个通路的相关性

最新推荐文章于 2024-04-26 20:19:53 发布
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版权

https://www.163.com/dy/article/G8OKP6M50532ROLT.html

#基因_信号通路
https://www.genecards.org/

在这里插入图片描述

#由目标通路中查找通路中的基因？
https://pathcards.genecards.org/

在这里插入图片描述

#蛋白相互作用分析

  • 蛋白相互所有分析(PPI)
  • STRING的使用以及网络分析

#共表达分析

  • GEO中查看是否有相关基因敲除或者过表达的表达数据
  • 如果是肿瘤研究的话，那直接就使用TCGA的数据就可以来进行研究。https://www.cbioportal.org/
不学无术-倪
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如何查询一个基因和某一个通路的相关性？
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基础研究中，药物、基因、蛋白、疾病都是一个一个散落点，把这些点串起来就是信号通路，我们所做的研究往往就是用我们的实验结果，在信号通路图上添上一笔。然而，信号通路图往往很复杂（如上图），怎么快速查找并直观了解，我推荐下面这个数据库给你。 Pathbank（信号通路银行） 地址是：查看 PathBank是一个交互式的可视化数据库，包含在模型生物（例如人类，小鼠，大肠杆菌，酵母和拟南芥）中发现的100,000多个信号通路。这其中的大多数在其他数据库中找不到，这也是这个数据库的优势所在。 所有信号通路中
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基因通路评价的打分函数通常基于基因表达数据和通路数据库，可以用来评估基因通路的激活程度和相关性，以及其与疾病和药物的关联程度。以下是一个简单的基因通路评价打分函数的示例，其中使用了基因表达数据和KEGG通路数据库： ```python import numpy as np import pandas as pd from bioservices import KEGG # 定义基因通路评价打分函数 def pathway_score(pathway_id, gene_expr, kegg_db): # 从KEGG数据库中获取基因通路信息 genes, _, _, _, _, _ = kegg_db.get(pathway_id) genes = [g.split(':')[1] for g in genes] # 从基因表达数据中筛选出对应的基因 gene_expr = gene_expr.loc[genes] # 计算基因表达数据的平均值 avg_expr = gene_expr.mean() # 计算基因表达数据的标准差 std_expr = gene_expr.std() # 计算基因表达数据的标准分 z_score = (gene_expr - avg_expr) / std_expr # 计算基因通路的得分 pathway_score = np.mean(z_score) return pathway_score ``` 该函数的输入参数包括基因通路ID、基因表达数据和KEGG通路数据库。函数首先从KEGG数据库中获取指定基因通路的基因列表，然后从基因表达数据中筛选出对应的基因，并计算基因表达数据的平均值和标准差。接下来，函数计算基因表达数据的标准分，并计算基因通路的得分，最后将得分作为函数的输出返回。 在实际应用中，可以使用该函数对多个基因通路进行评价，并比较它们之间的得分来确定与疾病或药物相关联的基因通路。

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