这期推荐在线基因功能富集分析(g:Profiler – a web server for functional enrichment analysis and conversions of gene lists），下面我们就看看怎么来实现吧！
简 介
g:Profiler是一个可靠的和最新的功能富集分析工具，支持各种证据类型，标识符类型和生物体。该工具集集成了包括Gene Ontology、KEGG和TRANSFAC在内的多个数据库，提供了一个全面而深入的基因列表分析。还提供交互式和直观的用户界面，并支持有序查询和自定义统计背景，以及其他设置。g:Profiler提供了多个可编程接口来访问其功能。这些可以很容易地集成到自定义工作流和外部工具中，使它们成为想要开发自己的解决方案的研究人员的宝贵资源。g:Profiler自2007年以来一直可用，用于分析数百万个查询。通过维护自2015年以来所有过去数据库版本的工作版本，实现了研究的可重复性和透明度。g:Profiler支持849种物种，包括脊椎动物，植物，真菌，昆虫和寄生虫，并可以分析任何生物体通过用户上传自定义注释文件。在这篇更新的文章中，介绍了一种新的过滤方法，突出显示基因本体驱动术语，伴随着新的图形可视化，为重要的基因本体术语提供了更广泛的上下文。作为一个领先的富集分析和基因列表互操作性服务。
g:GOSt
对输入基因列表进行功能富集分析，也称为过度代表性分析(ORA)或基因集富集分析。它将基因映射到已知的功能信息源，并检测统计上显著丰富的术语。我们定期检索来自Ensembl数据库和真菌、植物或后生动物基因组特定版本的数据，以及来自WormBase parasite的寄生虫特定数据。除了基因本体，我们还包括来自KEGG Reactome和WikiPathways的路径;miRNA靶点来自miRTarBase，调控基序匹配来自TRANSFAC;来自人蛋白图谱的组织特异性;来自CORUM的蛋白质复合物和来自human Phenotype Ontology的人类疾病表型。g:GOSt支持近500种生物，并接受数百种标识符类型。
我们点击 random example 可以看到 Query 里面出现基因ID，右边同样可以选择一些参数，比如 物种，显著值，阈值等。
点击 Run query, 运行结果，可下载PNG格式
查看 Detailed Results , 点击 PNG 可下载图片：
点击 CSV 可以下载数据：
查看 GO Context, 可以看到树形图：
查看 Query Info, 可以看到每个query的信息：
g:Convert
可以在各种基因，蛋白质，微阵列探针和许多其他类型的命名空间之间进行转换。我们为60多个物种提供至少40种ID。人类支持的98种不同的命名空间包括Ensembl, Refseq, Illumina, Entrezgene和Uniprot标识符。所有的命名空间都是通过作为参考的Ensembl基因标识符进行匹配获得的。
选择g:Convert,可以转换不同的基因ID表示方法：
转换之后的ID文件是可以直接下载：
g:Orth
翻译生物体之间的基因标识符。我们根据从Ensembl数据库检索到的信息提供了同源基因映射。
选择g:Orth，运行例子，这里同样物种选择的是人和鼠：
结果文件可以直接下载：
g:SNPense
将人类SNP rs-code列表(例如rs7961894)映射到基因名称，接收染色体坐标并预测变异效应。只有与至少一个编码Ensembl基因的蛋白质重叠的变异才能进行定位。所有底层数据都是从Ensembl Variation数据中检索的。变异类型用颜色编码的变异结果术语集来描述，由序列本体定义并按严重性排序。只有那些与给定的rs编码相对应的效应才会被显示出来。显示的数字显示了不同效果的数量。
我们直接运行 Example query，会出现rs号：
之后点击 Run query, 就会看到结果，对每种突变类型使用不同的颜色标价，并且带有数量标签：
同时也可以通过R包gprofiler2来实现
软件包安装
if(require(gprofiler2))
install.packages("gprofiler2")## 载入需要的程辑包：gprofiler2g:GOSt
library(gprofiler2)
gostres <- gost(query = c("X:1000:1000000", "rs17396340", "GO:0005005", "ENSG00000156103", "NLRP1"),
organism = "hsapiens")
# The result is a named list where “result” is a data.frame with the enrichment analysis results
# and “meta” containing a named list with all the metadata for the query.
head(gostres$result)## query significant p_value term_size query_size intersection_size
## 1 query_1 TRUE 4.998799e-02 1 3 1
## 2 query_1 TRUE 2.935154e-30 52 20 14
## 3 query_1 TRUE 4.737051e-18 240 20 13
## 4 query_1 TRUE 4.737051e-18 240 20 13
## 5 query_1 TRUE 1.524028e-14 614 20 14
## 6 query_1 TRUE 1.782228e-14 449 20 13
## precision recall term_id source
## 1 0.3333333 1.00000000 CORUM:6180 CORUM
## 2 0.7000000 0.26923077 GO:0048013 GO:BP
## 3 0.6500000 0.05416667 GO:0097485 GO:BP
## 4 0.6500000 0.05416667 GO:0007411 GO:BP
## 5 0.7000000 0.02280130 GO:0007169 GO:BP
## 6 0.6500000 0.02895323 GO:0007409 GO:BP
## term_name
## 1 PPP2R1A-PPP2R3B complex
## 2 ephrin receptor signaling pathway
## 3 neuron projection guidance
## 4 axon guidance
## 5 transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway
## 6 axonogenesis
## effective_domain_size source_order parents
## 1 3383 1952 CORUM:0000000
## 2 21010 13115 GO:0007169
## 3 21010 19562 GO:0031175, GO:0048812
## 4 21010 2959 GO:0007409, GO:0097485
## 5 21010 2780 GO:0007167
## 6 21010 2958 GO:0048667, GO:0048812, GO:0061564p <- gostplot(gostres, capped = FALSE, interactive = FALSE)
p
g:Convert
gconvert(query = c("REAC:R-HSA-3928664", "rs17396340", "NLRP1"), organism = "hsapiens",
target="ENSG", mthreshold = Inf, filter_na = TRUE)## input_number input target_number target name
## 1 1 REAC:R-HSA-3928664 1.1 ENSG00000010810 FYN
## 2 1 REAC:R-HSA-3928664 1.10 ENSG00000133216 EPHB2
## 3 1 REAC:R-HSA-3928664 1.11 ENSG00000136238 RAC1
## 4 1 REAC:R-HSA-3928664 1.12 ENSG00000137575 SDCBP
## 5 1 REAC:R-HSA-3928664 1.13 ENSG00000149269 PAK1
## 6 1 REAC:R-HSA-3928664 1.14 ENSG00000154928 EPHB1
## 7 1 REAC:R-HSA-3928664 1.15 ENSG00000180370 PAK2
## 8 1 REAC:R-HSA-3928664 1.16 ENSG00000182580 EPHB3
## 9 1 REAC:R-HSA-3928664 1.17 ENSG00000196411 EPHB4
## 10 1 REAC:R-HSA-3928664 1.2 ENSG00000071051 NCK2
## 11 1 REAC:R-HSA-3928664 1.3 ENSG00000077264 PAK3
## 12 1 REAC:R-HSA-3928664 1.4 ENSG00000090776 EFNB1
## 13 1 REAC:R-HSA-3928664 1.5 ENSG00000101608 MYL12A
## 14 1 REAC:R-HSA-3928664 1.6 ENSG00000102606 ARHGEF7
## 15 1 REAC:R-HSA-3928664 1.7 ENSG00000108262 GIT1
## 16 1 REAC:R-HSA-3928664 1.8 ENSG00000108947 EFNB3
## 17 1 REAC:R-HSA-3928664 1.9 ENSG00000125266 EFNB2
## 18 2 1:10226118:10226118 2.1 ENSG00000054523 KIF1B
## 19 3 NLRP1 3.1 ENSG00000091592 NLRP1
## description
## 1 FYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4037]
## 2 EPH receptor B2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3393]
## 3 Rac family small GTPase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9801]
## 4 syndecan binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10662]
## 5 p21 (RAC1) activated kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8590]
## 6 EPH receptor B1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3392]
## 7 p21 (RAC1) activated kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8591]
## 8 EPH receptor B3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3394]
## 9 EPH receptor B4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3395]
## 10 NCK adaptor protein 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7665]
## 11 p21 (RAC1) activated kinase 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8592]
## 12 ephrin B1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3226]
## 13 myosin light chain 12A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16701]
## 14 Rho guanine nucleotide exchange factor 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15607]
## 15 GIT ArfGAP 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4272]
## 16 ephrin B3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3228]
## 17 ephrin B2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3227]
## 18 kinesin family member 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16636]
## 19 NLR family pyrin domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14374]
## namespace
## 1 REAC
## 2 REAC
## 3 REAC
## 4 REAC
## 5 REAC
## 6 REAC
## 7 REAC
## 8 REAC
## 9 REAC
## 10 REAC
## 11 REAC
## 12 REAC
## 13 REAC
## 14 REAC
## 15 REAC
## 16 REAC
## 17 REAC
## 18
## 19 ENTREZGENE,GENECARDS,HGNC,UNIPROT_GN,WIKIGENEg:Orth
gorth(query = c("Klf4", "Sox2", "71950"), source_organism = "mmusculus",
target_organism = "hsapiens", numeric_ns = "ENTREZGENE_ACC")## input_number input input_ensg ensg_number ortholog_name
## 1 1 Klf4 ENSMUSG00000003032 1.1.1 KLF4
## 2 2 Sox2 ENSMUSG00000074637 2.1.1 SOX2
## 3 3 71950 ENSMUSG00000012396 3.1.1 NANOG
## 4 3 71950 ENSMUSG00000012396 3.1.2 NANOGP8
## ortholog_ensg
## 1 ENSG00000136826
## 2 ENSG00000181449
## 3 ENSG00000111704
## 4 ENSG00000255192
## description
## 1 KLF transcription factor 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6348]
## 2 SRY-box transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11195]
## 3 Nanog homeobox [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20857]
## 4 Nanog homeobox retrogene P8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23106]g:SNPense
gsnpense(query = c("rs11734132", "rs4305276", "rs17396340", "rs3184504"))## rs_id chromosome start end strand ensgs gene_names
## 1 rs4305276 2 240555596 240555596 + ENSG00000144504 ANKMY1
## 2 rs17396340 1 10226118 10226118 + ENSG00000054523 KIF1B
## 3 rs3184504 12 111446804 111446804 + ENSG00000111252 SH2B3
## 4 rs3184504 12 111446804 111446804 + ENSG00000204842 ATXN2
## variants.NMD_transcript_variant variants.intron_variant
## 1 9 57
## 2 2 22
## 3 3 3
## 4 3 3
## variants.missense_variant variants.non_coding_transcript_variant
## 1 0 18
## 2 0 0
## 3 12 0
## 4 12 0Reference:
1. Reimand J , Arak T , Vilo J . g:Profiler--a web server for functional interpretation of gene lists (2011 update)[J]. Nucleic Acids Research,2011, 39(suppl):W307-W315.
2. Reimand J, Isserlin R, Voisin V, et al. Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g:Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap[J]. Nature Protocols, 2019, 14(2): 482-517.
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