包 基因画信号通路图_代码教程|ClusterProfiler基因通路富集

单个基因水平上能反映的生物学信息有限，很多时候要进行通路富集分析，来从系统水平上反映出一组基因与哪些生物学通路相关。

假如你有一组感兴趣的基因，如何进行通路富集？

假如你感兴趣的这组基因是来源于特定芯片panel(而非全基因组)，如何设置合适的背景基因集合进行通路富集分析？

假如你想比较两组感兴趣基因集合的通路异同又应如何操作呢？

......

今天我们就来谈谈Y叔开发的ClusterProfiler包做通路富集时的应用场景和详细步骤(以Homo sapiens为例)。

Step1.文件准备(如图1)。

1. 将所有文件存放于本地路径中(如D:/Bioming)。

2. 感兴趣的基因集合文件，每个基因为一行。(感兴趣的基因集合可以是差异表达基因、差异甲基化基因、突变基因集合等)。文件格式如图2。

3. 若感兴趣的基因集合是基于特定的panel芯片得到的，而并非全基因组数据，则需要准备背景基因集合文件，文件中包含了panel中所覆盖的所有基因，格式同图2。

4. 若需要将两组感兴趣的基因集合进行通路比较(如原发灶突变基因与转移灶突变基因所富集通路比较等)，需要准备另一组文件感兴趣的基因集合2。

图1

    图2

Step2.R语言执行通路富集分析。

进入到R界面，若未安装过ClusterProfiler包，用如下命令安装：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) 

install.packages("BiocManager")