2022.03.03【微生物】|比对后去宿主分析

摘要

之前接到过dual-RNAseq，就是样品同时包含宿主和微生物，需要分别进行转录组分析。以前就拿着样本开两个项目。原核生物分析前需要去rRNA，由于测序深度较大，导致比对耗时过长，一个样品都要5h以上。后来接触了宏基因组分析，发现分析前去宿主的环节其实可以应用到这里。把去宿主后的数据用来进行原核生物的分析，减少分析时长。因此对去宿主环节进行一个记录。

工具与方法

比对工具：hisat2
sam、bam文件可视化：samtools

去宿主命令

前面质控，比对后，我们得到了sam文件，或者经过samtools sort/view 得到bam文件。接下来，我们将从sam/bam文件里提取出未比对成功的序列。

#sam文件去宿主
samtools view 02.align/delta_glnD_NODULES.sam | awk -F '\t' '$3=="*"{print $1}'