薛定谔教程--生成对接盒子 | Receptor Grid Generation

薛定谔教程–生成对接盒子 | Receptor Grid Generation

视频教程来源： https://www.bilibili.com/video/BV1dz4y117sd?spm_id_from=333.999.0.0

功能模块 Receptor Grid Generation

Receptor

1. Define receptor 定义哪一部分是受体
2. Van der Waals radius scaling 范德华半径的缩放， 半柔性，小分子是柔性的，受体是刚性的
3. Use input partial charges 使用输入局部电荷
4. Generate grid suitable for peptide docking 软件计算的电荷

Site

• Display box 显示盒子

• Center: 设置

• Advanced Settings. 高级设置，主要是下图绿色盒子
  
  没有配体，可以通过口袋边上的残基定义盒子
  
  
  Constraints设置约束条件

• Positional/NOE (0) 位置约束
  

• H-bond/Metal (0) H键约束
  

• Metal Coordination (0) 金属离子约束
  
  Rotatable Groups设置可旋转的基团
  
  Excluded Volumes 对接过程中，某些小分子不能出现在这个区域