薛定谔教程–生成对接盒子 | Receptor Grid Generation
视频教程来源: https://www.bilibili.com/video/BV1dz4y117sd?spm_id_from=333.999.0.0
功能模块 Receptor Grid Generation
Receptor
- Define receptor 定义哪一部分是受体
- Van der Waals radius scaling 范德华半径的缩放, 半柔性,小分子是柔性的,受体是刚性的
- Use input partial charges 使用输入局部电荷
- Generate grid suitable for peptide docking 软件计算的电荷
Site
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Display box 显示盒子
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Center: 设置
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Advanced Settings. 高级设置,主要是下图绿色盒子
没有配体,可以通过口袋边上的残基定义盒子
Constraints设置约束条件 -
Positional/NOE (0) 位置约束
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H-bond/Metal (0) H键约束
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Metal Coordination (0) 金属离子约束
Rotatable Groups设置可旋转的基团
Excluded Volumes 对接过程中,某些小分子不能出现在这个区域