NGS技术：如何一小时完成WGS全基因组数据分析

最新推荐文章于 2022-10-20 17:16:02 发布

毅硕科技

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文章标签： big data fpga hpc 生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/bio2s/article/details/120508067

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Sentieon与MGI合作的Zieon数据分析一体机整合了MegaBOLT和Sentieon软件，提供从测序到变异检测的全基因组分析。借助FPGA硬件和任务调度系统，Zieon在提升46倍效率的同时保证准确性。操作界面友好，适合生信分析工作者，尤其在胚系变异检测中表现出高效率和精确度。

摘要由CSDN通过智能技术生成

近日，Sentieon Inc.与MGI合作正式推出高通量测序数据分析一体机Zieon。双方团队详细讨论并测试了华大智造MegaBOLT和Sentieon软件模块的性能，采用合适的模块组合推出了Zieon数据分析一体机。数据显示，Zieon在准确率提升的同时可加速46倍左右。

Zieon是一套高性能的重测序分析系统，整合了华大智造MegaBOLT以及Sentieon软件这两套加速方案。该方案包含胚系突变（Germline）与体细胞突变（Somatic）的全基因组（WGS）、全外显子组（WES）及Panel靶向测序数据分析，完成从测序序列文件fq.gz输入至变异检测结果vcf.gz输出的计算以及各项QC流程。通过硬件加速卡，软件优化模块及多任务调度系统进行计算加速，与开源常规流程相比，Zieon在准确率提升的同时可加速46倍左右。
Zieon NGS分析一体机

工作原理

当前包括CPU、GPU以及FPGA在内，有多种计算构架被应用在了高通量测序数据分析的流程中，这些不同架构硬件对流程中不同类型的处理模块也是效率各异。例如，FPGA硬件内部采用多流水线计算结构，在“比对”等逻辑步骤简单但是并发数据较大的步骤上效率较高，而CPU硬件则对变异检测等需要大量逻辑判断的步骤更为合适。
Zieon基因数据分析一体机工作原理