STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析

在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等，找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后，通过STRING数据库（https://string-db.org/）检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用，并构建了蛋白质相互作用网络表示出来，目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系，例如物理接触、靶向调节等，最终阐述生物体中有意义的分子调节网络。

目前，STRING数据库收录了超过5000个物种、2千多万种蛋白、30多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用，也包括共表达相关性。通过STRING数据库，我们可以很方便地搜索已知蛋白间的关系，以更好地理解生物体中复杂的调控网络。

STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析，以下简称PPI网络。类似地，以给定的一串基因名称列表为例进行搜索。