KEGG数据库和信号通路图解析

一、介绍

在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。

这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开发的KEGG数据库，全称为 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（京都基因与基因组百科全书）。它拥有多个子数据库，包含基因组，生化反应，生化物质，疾病与药物，以及最常用PATHWAY通路信息。

接下来进入KEGG官网：https://www.kegg.jp ，它的主页主要由以下几部分构成:

二、KEGG的数据库构成

KEGG子库中存储的信息是生物系统的计算机表示形式，由基因和蛋白质（基因组信息）和化学物质（化学信息）的分子部件组成，这些部件的相互作用，反应和关系构成调控网络图（系统信息），除此之外，还包含疾病和药物信息（健康信息）。具体的分类及数据库如下：

三、KEGG PATHWAY 数据库

在所有子数据库中最重要也是最常用的就是KEGG PATHWAY，它包括大量由科研人员根据已有研究文献，通过手动绘制的KEGG通路图，代表着代谢过程，环境信息过程，细胞过程，生物系统，人类疾病和药物开发。

每个通路都由一个五位数字标识，后跟以下任意一个：map，ko，ec，rn和三字母或四字母生物代码，它们分别代表五种通路类型：

map编号：代表reference pathway，根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。 一个点同时表示一个基因，这个基因编码的酶或这个酶参加的反应

org编号：物种特异性通路，这里就是将K编号基因