Autodock Vina Linux安装教程

Pengsen Ma

已于 2023-03-22 13:33:16 修改

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分类专栏：分子对接与分子动力学模拟文章标签： linux 运维服务器

于 2023-03-22 12:32:54 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43135178/article/details/129707139

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文章详细介绍了如何在Linux系统中下载和安装AutoDockVina的预编译版本，包括修改文件权限、执行程序以及配置参数进行分子对接的步骤。此外，还提到了使用Python脚本进行自动对接的示例。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

【Linux预编译版】

AutoDock Vina可以直接在网站上下载预编译版，不需要自己按上述方法编译安装。

1、下载

从网站上下载“vina_1.2.3_linux_x86_64”预编译版程序。

Releases · ccsb-scripps/AutoDock-Vina · GitHub

2、修改权限

2a. 将vina1.2.3_linuxX86_64文件传送至Linux系统下存放软件的目录下，通过以下命令修改用户执行vina权限：

$ chmod 755 vina_1.2.3_linux_x86_64

使vina_1.2.3_linux_x86_64可以被执行。

3、运行方法

$ ./vina_1.2.3_linux_x86_64  #当前路径下运行

或

$ /your/path/vina_1.2.3_linux_x86_64  #指定绝对路径下运行

如果出现

说明可以正常运行Vina！

3.1、使用命令行运行vina

/mnt/d/vina/vina_1.2.3_linux_x86_64 --receptor docking_datasets/EP4_receptor/5ywy.pdbqt --ligand docking_datasets/EP4_ligand/pdbqt/non_aromatic_ring__input6__variant1.pdbqt --config 5ywy_config.txt --out docking_datasets/docking_results/out.pdbqt

其中5ywy_config.txt的配置如下，需要按照你使用autodock vina的盒子的位置更改下面的内容

示例：

这里的exhaustiveness = 16设置的是你的CPU的线程数

receptor = 5ywy.pdbqt

center_x = -52.178
center_y = -26.035
center_z = 1.675
size_x = 50.0
size_y = 60.0
size_z = 48.0

exhaustiveness = 16
num_modes = 9

使用

python docking/docking_1.py --receptor_file docking/docking_data/EP4_receptor/5ywy.pdbqt --ligand_dir docking/docking_data/EP4_ligand/pdbqt --config_file docking/docking_data/5ywy_config.txt --out_dir docking/docking_data/docking_results

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