KEGG Brite 数据库

KEGG被称为京都基因组百科全书,是一个综合性的数据库。对于如此庞大的数据库,肯定需要对数据进行分门别类的整理。除了将各种数据拆分到不同的子数据库中之外,KEGG还对所有的数据进行了更加细致的功能分类,这些功能分类的信息就存储在brite 数据库中。

birte 主要包含以下五大类别的分类信息:

  1. genes and protein

  2. compounds and  reactions

  3. drugs

  4. diseases

  5. organisms and cells

在brite数据库中,以文件的形式存储分类信息。包含两种格式的文件:

  • table 格式,比如对药物的分类

    http://www.genome.jp/kegg/drug/br08340.html

  • htext 文件,比如kegg  orthology 的分类

    http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00000.keg

提供了两种格式的文件用于下载,htext 对应的后缀为 keg&

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