STAR:转录组数据比对工具简介

最新推荐文章于 2024-12-19 00:26:31 发布
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STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。软件的源代码保存在github上，地址如下

https://github.com/alexdobin/STAR

安装过程如下

wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1b.tar.gz
tar xzvf 2.6.1b.tar.gz

解压缩之后，在bin/Linux_x86_64_static目录下，提供了编译好的可执行文件STAR。和hisat等软件不同，STAR将所有的功能整合在了同一个程序中，通过切换runMode来执行不同的任务。

1. 构建基因组索引

运行比对前，首先需要对基因组建立索引，建立索引对应的runMode为genomeGenerate, 基本用法如下

STAR --runMode genomeGenerate \
--runThreadN  20 \
--genomeFastaFiles hg19.fasta \
--genomeDir hg19_STAR_db \
--sjdbGTFfile hg19.gtf \
--sjdbOverhang  149

建立索引需要基因组的fasta和gtf文件，通过genomeFastaFiles和

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转录组有参分析之STAR比对及可变剪切
wangprince2017
08-21 1683
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 颤抖吧__小虫子已关注 0.6682020.03.11 21:02:35字数 175阅读 985 转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点： 速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad LoadAndKeep 多个比对共享内存中的基因组索引 减小内存的使用量 直接获得基因的 reads count 和 导入基因组浏览器的 biwWig 文件 STAR转录组比对和定量 STAR比对 基因注.
这个转录组比对工具很快，十几分钟一个样品
悟道西方
09-07 849
前面我们做了STAR基因组索引构建所需资源的评估，现在我们看下reads比对对计算资源和时间的需求。下载原始测序数据首先下载获得样品SRR1039517的原始测序数据，数据量约为34 mi...
39个转录组分析工具，120种组合评估
悟道西方
08-05 1万+
RNA-seq工具哪家强RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA编辑和突变检测等，具体流程和常用工具如下图所示。通常的分析不一定需要走完全部流程，按需进行，某些步骤可以跳过、简化等。RNA-seq分析工具最优组合Nature Communication上一篇
转录组数据分析（2）——基因组比对STAR
weixin_57699783的博客
11-20 1039
转录组数据分析（2）——基因组比对STAR
生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）
Baimoc
07-14 2万+
文章目录零、介绍一、安装二、使用1、建立索引2、STAR 比对三、原理聚类、拼接和评分 零、介绍 STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的御用 pipeline 工具。不得不提的是，它需要占用大量内存，对计算资源有较高的要求。 一、安装 conda install -c biocon
RNA-seq：转录组数据分析处理（上）
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PFExpTools：恶性疟原虫转录组数据分析工具集
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RNA-seq数据分析（分析策略，比对，转录组组装，转录本定量）
weixin_43927366的博客
03-13 6598
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【DNAstar在转录组学分析中的应用】：挖掘转录数据的新视角
[【DNAstar在转录组学分析中的应用】：挖掘转录数据的新视角](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/d037cfb90ca82097ee4ab4e24fa66756.png) 参考资源链接：[DNAstar全功能指南：EditSeq、GeneQuest等工具详解]...
Linux系统下RNA-seq分析（2.STAR比对和cufflinks拼接）
weixin_43927366的博客
03-10 2610
提示：这里对文章进行总结：例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
sj2psi:将RNA-STAR对准器“ SJ.out.tab”文件转换为“已拼接百分比”（Psi）分数
05-08
sj2psi [ ]（ [！[状态]（ ]( ） DOI：10.5281 / zenodo.9885 安装 要安装，请克隆github存储库，转到该目录并使用pip进行安装，如下所示： git clone git@github.com:olgabot/sj2psi cd sj2psi pip install . 什么是sj2psi ？ 连接的拼接百分比的无注释估计。 这会将“ SJ.out.tab”文件转换为“已拼接百分比”（Psi）分数。 这是一个SJ.out.tab文件的示例： chr1 30040 30563 1 1 1 0 131 45 chr1 30668 30975 1 1 1 0 123 46 chr1 146510
生信软件，就是赢家通吃：最佳生信比对软件
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
08-06 1837
在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。BWA功能特点BWA 是一种高效的短序列比对工具，主要用于基因组比对和变异检测。它采用 Burrows-Wheeler 变换和 FM-index 算法，能够快速处理大量短读长序列。优点...
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gitblog_00082的博客
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探索STAR：高效准确的RNA-seq比对神器 STAR RNA-seq aligner 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STAR 是一个开源的生物信息学工具，...
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gitblog_01003的博客
09-28 911
STAR：高效精准的RNA测序比对工具 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STAR 项目介绍 STAR（Spliced Transcripts Alignment to a Reference）是一款由Alexander Dobin开发的RNA测序比对工具，自2009年以来一直致力于提供高效、精准的RNA测序数据比对解决方案。STAR通过其独特的算法，能...
RNA-seq fastp+STAR+featurecounts
JjinYyi的博客
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RNA-seq数据的GATK找变异流程
JjinYyi的博客
08-29 314
由于运行BAMixChecker软件需要构建过variant的bam文件，直接用RNA-seq STAR输出的bam文件会报字眼为“GATK HaplotypeCaller…
「RNA-seq分析软件」RNA-seq比对工具STAR学习笔记
xuzhougeng blog
02-25 8140
STAR 软件安装 软件的GitHub地址为https://github.com/alexdobin/STAR, 下载页面为https://github.com/alexdobin/STAR/releases, 挑最新的下载，避免bug。 软件使用 STAR的主程序只有两个:STAR和STARlong。前者用于比对RNA-seq数据，后者是针对于长读长RNA数据。由于同一个程序，又...
2024.08.06【生物信息】|快速安装STAR：生物信息分析的瑞士军刀
08-06 522
STAR是一个强大的工具，适用于多种RNA-seq数据分析任务。通过遵循上述步骤，你应该能够快速安装并开始使用STAR。如果在安装过程中遇到任何问题，上述解决方案应该能帮助你克服大部分障碍。！
STAR安装与使用（2.7.11b）-生信工具38
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weixin_44874487的博客
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STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
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