使用HOMER进行peak calling

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HOMER是一款进行motif预测的软件，除此之外，该软件还集成了许多其他功能，可以识别用于分析chip_seq,RNA_seq,Hi-C等数据。本文主要介绍如何通过HOMER来进行peak calling。

在HOMER中，通过findPeaks这个命令来进行peak calling, 这个命令有以下多种模式，对应不同类型的peak的识别

1. factor
   这种模式用于识DNA和蛋白质结合位点，主要用于识别转录因子的结合位点，预测出来的peak的长度是一个固定的数值。

2. histone
   这种模式用于识别发生组蛋白修饰的区域，该模式识别到的peak长度不完全相同，是变化的数值。

3. super
   这种模式用于识别超级增强子。

4. groseq
   这种模式用于分析链特异性的GRO_seq数据

5. tss
   这种模式用于分析5’RNA_seq/CAGE/5’GRO_seq, 目的是识别promoter/TSS区域

6. dnase
   这种模式用于分析DNase_seq数据，目的是识别DNase酶超敏位点

7. mC
   这种模式用于识别DNA甲基化区域

对于chip_seq的peak calling而言，常用的模式就是factor, histone和super这3种模式。具体用法如下,分为两步

1. makeTagDirectory

比对基因组得到bam文件之后，首先用通过makeTagDirectory这个命令，生成一个文件夹，用法如下