chipBase:转录因子调控网络数据

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chipBase收集来自GEO,ENCODE数据库中的chip_seq数据，通过对这些原始数据进行分析，致力于构建各种转录因子与非编码RNA, 蛋白编码基因之间的调控网络，网址如下

http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/

数据库构建的流程如下

首先对来自10个物种一万多个样本的chip_seq数据进行分析，通过peak caling得到转录因子在基因组上的结合区域，同时提供了UCSC基因组浏览器可视化和motif分析。通过peak区域与各种非编码RNA, 蛋白编码基因的距离，预测对应的靶基因。

最后根据来自TCGA数据库和GTEx项目约2万例样本的转录组结果，对转录因子和调控基因的相关性进行分析。该网站提供了以下几个主要功能

1. 查看转录因子和基因间的调控网络

提供了转录因子与非编码RNA和蛋白编码基因之间的调控关系，以lncRNA为例，检索框如下