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转录调控是生命活动中重要的调控机制,通过chip_seq数据,我们可以得到转录因子或者组蛋白修饰和基因之间的调控关系。chipBase数据库收集了来自10个物种共一万多个样本的chip_seq数据,整理出了转录因子和各种基因,包括蛋白编码基因,lncRNA,miRNA, tRNA等ncRNA之间的调控网络,该数据库网址如下
http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php
该数据不仅提供了转录因子和各种基因的调控网络,还提供了转录因子结合位点和motif的信息,同时利用TCGA数据库中的RNA_seq数据,分析了转录因子和基因之间的共表达关系,整个数据库的构建流程示意如下
chip_seq数据包含了两种类型,一种是转录因子,另外一种是组蛋白修饰,从chip_seq的数据中,可以分析得到结合位点的区域,称之为peak。
通过转录因子结合位点,可以进一步分析结合区域的motif, 还可以通过peak区域的基因注释,得到转录因子和各种基因之间的调控关系。
该数据库将基因分成了以下几类
LncRNA
miRNA
OtherNcRNA
Protein
每个类别对应一个子菜单,以LncRNA
为例,可以检索得到某个转录因子与