ChIPBase数据库超详细使用指南

 

ChIPBase数据库是由中山大学生命科学院曲丽恒教授团队开发的一个在线工具，网页右上角标明了中山大学的校徽。数据库中还有一个中山大学开发的神器，即Encori数据库（原Starbase数据库）。需要提醒一下大家的就是，这两个数据库能不能使用全看缘分，有时会被禁止访问，如果大家进不去，说不定过段时间就好了。主页右侧的“Release notes”显示了该数据库的更新日志，最近一次更新时间是2016-11-23，目前是2.3.4版本。ChIPBase数据库收集了来自10个物种共10200个数据集的chip_seq数据，整理出了转录因子和各种基因之间的转录调控网络，还包括了组蛋白修饰数据。我们将页面下拉看看大致分析流程：

 

 

简单来说，就是从转录因子的chip_seq数据中分析得到转录因子结合位点的区域，称之为peak；通过peak可以进一步分析结合区域的motif；还可以通过基因注释得到转录因子和各种基因之间的调控关系；最后通过分析近10000个肿瘤样本及9100种细胞系和组织，得到转录因子和各种RNA之间的共表达关系。

 

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来源：51xxziyuan.com