HIC测序数据生信分析——第一节，总体概述

最新推荐文章于 2024-11-26 09:27:52 发布

彼岸花128

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分类专栏： HIC分析文章标签： linux 生物信息学

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HIC测序数据生信分析——第一节，总体概述

HIC测序的目的

HIC测序的目的的研究染色体交联情况。我测序目的是De novo基因组测序组装，将contig基因组序列挂在到人工染色体上。HIC测序的难点是建库，测序类型：二代双端测序。
我的情况下，测序数据量是基因组大小的100倍左右。找公司测序，需要咨询清楚，我有两个公司，一个是建库后，先试测1~2G数据量，然后计算HIC有效率（Hicup软件），一般需要达到20%以上算合格，再测完整数据量。另一个直接测完整数据量，然后比较坑。
因为我从完整数据量中提取1~2G数据量，计算有效率，仅仅5%，所以浪费了，和公司沟通。