对于一个生信小白Hic-Pro的安装真的是有点困难的了,我是在不了解Linux、python...下安装的,下面就记录一下我安装Hic-pro的心路历程。
HiC-Pro是目前比较流行的HiC数据标准化处理工具之一,其流程主要分为6个步骤,比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、构建HiC关联图谱以及关联图谱标准化。
首先看一下Github的介绍
Hic-pro已经用的是python3(>3.7)了,现在很多帖子是很多年前的还是用的python2,这个要注意一下。
安装hic-pro的依赖包:bowtie2、python的四个库pysam(>=0.15.4)、bx-python(>=0.8.8)、numpy(>=1.18.1)、scipy(>=1.4.1),安装R的两个包RColorBrewer和ggplot2(>2.2.1)、g++、samtools(>1.9)
先安装conda
清华大学开源软件镜像站https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/