本文介绍了如何从GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息，包括7个类别和200多项详细数据。GDC的临床信息下载过程与普通文件相似，可以选择不同的数据类型和过滤条件。原始数据以XML格式存储，同时也提供TSV和CSV格式，特别是TSV格式方便用Excel直接查看。虽然TSV包含的信息比XML少，但足以满足常见分析需求。
欢迎关注”生信修炼手册”!
在GDC中，对肿瘤患者的临床信息进行了标准化，分成了以下7个类别
Demographic
Diagnosis
Exposure
Family History
Follow Up
Molecular Test
Treatment
在以下链接中，提供临床信息的具体列表，共有200多项
https://gdc.cancer.gov/about-data/data-harmonization-and-generation/clinical-data-harmonization
其中有20项临床信息是必须的，展示如下
在GDC中，临床信息的下载和普通文件是类似的，在Repository中，数据类型选择Clinical, 示意如下
当然可以根据Cases的属性在进行过滤，过滤之后&#
最低0.47元/天 解锁文章
扫一扫
725
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
