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蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域常用的手段之一,在TCGA项目中,广泛使用了反相蛋白芯片reverse-phase protein arrays(RPPA)技术来进行肿瘤蛋白质组的研究。
通过该芯片, 能够有效分析多种标记蛋白在样本中的表达量及其变化趋势,是一种经济高效的肿瘤蛋白质组学研究手段。通过整合来自TCGA和几个独立的肿瘤研究项目的RPPA芯片数据,提供了一个肿瘤蛋白质谱数据中心TCPA
, 方便科研工作者查看,分析和可视化蛋白质芯片数据。文章发表在nature methods上,链接如下
https://www.nature.com/articles/nmeth.2650
网站链接如下
http://tcpaportal.org/tcpa/
数据分成了下图所示的两个部分
Patient Cohorts用于查看不同肿瘤样本中的蛋白质芯片数据,Cancer Cell Lines用于查看不同细胞系中的蛋白质芯片数据。这两个模块的结构是类似的,以肿瘤样本中的蛋白芯片数据为例,分成了4大模块
1. summary
这部分展示不同肿瘤中包含的样本个数,蛋白质种类等信息,示意如下