使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

最新推荐文章于 2024-07-16 10:13:23 发布
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本文介绍了如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具来计算网络的相关属性，包括Simple Parameter、Node Degree Distribution、Shortest Path Length Distribution、Betweenness Centrality和Closeness Centrality。NetworkAnalyzer适用于偶尔分析网络数据，提供了图形界面，便于快速获取网络的拓扑属性。
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在之前的文章中，介绍过igraph工具，可以通过编程处理网络数据，该工具使用与大规模，大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下网络数据，采用cytoscape这种图形界面工具更加的简单便捷。

cytoscape相信很多人都用过，通常都是用来进行网络的可视化，对于分析网络的基本拓扑属性，比如计算clustering coefficient值等，在cytoscape中也可以方便的得到。

在cytoscape3.0版本以后，集成了NetworkAnalyzer工具，这个工具可以方便的计算常用的拓扑属性。通过Tools->NetworkAnalyzer可以打开该工具，分析的结果会在右侧的结果面板显示，常用的结果展示如下

1. Simple Parameter

会给出网络的clustering coefficient，density等值，示意如下
在这里插入图片描述

2. Node Degree Distribution

对于一个scale-free network 而言，节点的度数分布符合幂律分布，该部分可以估计出对应的系数

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