共线性分析 | Advance Circos图绘制

写在前面

最近在作图，一直迷恋上TBtools了，真是感觉上手后，都不想自己写代码来分析或画图了。TBtools确实牛X，再一次发自内心的！！！！昨晚，使用TBtools来做共线分析后做Circos图。关于使用TBtools做Circos图，CJ也做了很多的教程，以及也有很的同学或公众号推了相关的教程。具体可以看，定制Circos图：使用TBtools，从数据准备到可视化，视频手把手 | 用户教你Advanced Circos 画最好看的象形图~，还有很多。这个教程也只是自己粗糙的记录自己操作过程(是真的很粗…)。

–Du

所需文件

1. 基因组fa文件

2. 基因组注释文件(gtf or gff)

一、获得染色体长度信息

获得结果

二、获得基因位置信息文件

拖拽gff文件到TBtools软件,点击Start。

删除不必要的信息

三、提取目标基因的信息

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拖拽文件文件时，Selected Coluumn选择我们要match的列

四、基因组内的同源复制信息制作

使用MCScanx，分别输入物种的fa和gtf信息。

结束以后，可以获得geneLinkedRegion.tab.xls的文件，

五、选择目的基因关联信息

使用Table Row Extract or Filter进行match。

下面的操作为重点，不然匹配出来的文件是空。

这样就可以获得次作物中，基因组复制的信息位点。

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将获得的信息复制到geneLinkedRegion.tab.xls的文件中，并修改颜色。

六、出图

将以上的信息文件输入到Advanced Circos中即可出图

七、调整

出图后，我们自己需要调整很多的参数，如颜色，字体大小，距离…等等，具体可以根据自己的需求来调整。

在这里可以调整图形整体的参数，如chr、距离等。

比如，调整Feature Label 可以调整显示基因的间距。

调整染色体的颜色

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更多的参数调整，我们可以更具那些优秀的教程一步一步的操作。以及，需要我们自己结合自己实际进行操作。

对于第一次绘制类似图形的童鞋，我还是建议找一张自己看着好看的图形作为参考模仿着绘制。自己作图时一直这样做的，模仿着并优化着，你可以将多张图形整合到自己图形中。

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ENDING ！！！

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往期文章：

1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

• WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

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2. 精美图形绘制教程

• 精美图形绘制教程

3. 转录组分析教程

• 1.课程介绍
• 2.第一章 Linux基础
• 3.第一章 生信软件安装
• 4.第二章 转录组数据的下载
• 5.第三章 参考基因组序列和注释文件的下载
• 6.转录组上游分析教程 | 第四章 数据过滤
• 7.第四章 Hisat2进行数据比对
• 8.第四章 Bowtie2进行数据比对
• 9.第四章 BWA进行数据比对
• 10.第四章 Tophat2比对
• 11.第五章 无参考基因组的转录组分析
• 12.第六章 转录本定量分析

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话说公众号需要标星，这样公众号的内容你才不会错过。那么，我们也动手标一下吧。

小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!