【小白学生信】cell ranger 安装事宜

最新推荐文章于 2024-04-24 16:16:09 发布
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分类专栏： 生信小白试错之路
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这篇博客适合生信初学者，讲述了如何在Ubuntu系统中安装cell ranger。首先，需要注册10x Genomics账号并下载软件。下载后通过终端进行解压，然后设置环境变量以在任意位置使用。完成这些步骤后，就可以开始使用cell ranger进行scRNA-seq数据分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

作为初接触生信的小白，电脑和脑子一样是空空如也。脑子里要学知识，电脑里也要装软件啦

在接触scRNA-seq的初期，我们需要照猫画虎把数据装模做样的跑一遍，cell ranger和seurat包都是需要安装的啦，本次使用的是Ubuntu作为实验小白鼠

安装cell ranger之前需要去注册个10x Genomics的账号，下载及注册链接如下：

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest?

注册完之后进入

打开终端，复制红框内容，找个文件夹下载压缩包。文件大小为1.1Gb，下载速度就看你的网硬不硬啦

下载好之后是介个样子滴

此时需要我们的解压命令

tar -zxvf cellranger-6.0.2.tar.gz

 解压完就完事大吉了吗？显然不会，这样完事你只能在下载的文件夹里使用，并不能随时随地的在终端打开，此时就需要我们来设置环境变量

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晓楽
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cellranger安装
虽迟但到博客
08-06 7577
https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh ###下载ananconda2.7版本 chmon +x Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh ###赋予anaconda包可以执行权限 ./A...
使用cell ranger进行单细胞转录组定量分析
庐州月光的博客
12-25 1966
欢迎关注”生信修炼手册”!在RNA_seq数据的定量分析中，都是首先将reads比对到参考基因组，然后再使用定量软件进行定量，比如经典的hisat+stringTie的分析策略，对于单细...
cellranger安装以及使用
最新发布
m0_59974475的博客
04-24 2507
接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵，并且进行标准化去掉测序深度的影响。但是由于病毒基因组太小了，且注释结果只有CDS没有exon，所以曲线救国，将CDS整体替换为exon，也不进行过滤了，直接下一步。虽然安装完毕，但是现在要运行cellranger的话需要在终端输入cellranger的整个路径。自动执行这个命令，需要将“
CentOS7 安装cellranger-4.0.0
u010797364的博客
09-18 635
下载： wget -O cellranger-4.0.0.tar.gz “https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-4.0.0.tar.gz?Expires=1603204594&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci00LjAuMC50
windows ubuntu子系统，单细胞篇 1.cellranger安装与分析
weixin_69558614的博客
04-15 1814
使用"ls SRR*"查找以"SRR"开头的文件，然后使用"while read id"逐行读取这些文件名，对每个文件执行以下操作：使用。--localmem=15：指定本地内存的使用量，单位为GB。raw_feature_bc_matrix：原始barcode信息，未过滤的可以用于构建矩阵的文件，可以不看；这是我最近跑的一个流程，说实在的，博大精深，以后我会看一些文献，分享一下，流程好跑，背景知识很难啊。--id=$id：指定输出结果的唯一标识符，通常是分析的样本名称或编号，指定输出文件夹的名字。
单细胞流程 安装conda 下载基因组数据 然后走cellranger 流程得到10x数据 学校服务器集群anaconda安装 参考基因组 38 hg19
生信小博士的博客
11-08 1715
既然你都要学cellranger了，大概率上你已经有了SRA或者fastq数据，有了服务器，linux知识也有所了解，关于数据的下载我就不赘述了。需要启动已经修改环境变量，输入以下命令（以后都不用再 source 了，因为启动 Ubuntu 会自动 source）确认安装的路径，一般直接回车安装在默认的 /home/你的名字/anaconda3。进入 Ubuntu，自己新建下载路径，输入以下命令开始下载。如果当前安装后，不是最新版本，可以通过以下命令升级。一般来说，软件以及配套的参考基因组都需要下载，
【小白学生信】cell ranger 初使用
weixin_43784829的博客
08-03 9522
在学习单细胞转录组的时候，10X占据了市场的主流，它的
aggr代码 cellranger_cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr
weixin_34183908的博客
01-13 865
When doing large studies involving multiple GEM wells, run cellranger count on FASTQ data from each of the GEM wells individually, and then pool the results using cellranger aggr.当你的实验涉及到多个GEM well的时...
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03-10
cellranger_job_templates 为10x Genomics的Cellranger管道生成SLURM作业脚本 免费软件：BSD许可证 文档： : 。 用法 Usage: cjt [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... Options: --install-completion [bash|zsh|fish|...
10X_cellranger 流程
qq_40966210的博客
02-24 1095
总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrun make fastq 几乎用不到，并且跑一次需要三五天 # 第一种 $ cellranger mkfastq --id=bcl \ --run=/path/to/bcl \
单细胞测序数据分析（3）- cell ranger的下载和使用-学习笔记
leo12354的博客
09-11 6936
参考： 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探 把sra文件转化成fastq格式，并对fastq格式的文件进行质控。 find ./10X -name "*R1*.gz">id-1.txt find ./10X -name "*R1*.gz">id-2.txt cat id-1.txt id-2.txt >id-all.txt cat id-all.txt| xargs fastqc -t 20 -o ./ 得到质控结果。 基本上可以用于下游分析。 接下来就是用 cell
10X单细胞转录组测序—常规流程
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从原始数据比对计数开始到singleR预测亚群名称
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cellranger配置环境变量失败怎么办？
Zmonster_ion的博客
09-30 2237
我在下载并解压完cellranger-6.1.1后配置环境变量 export PATH=/home/XXX/XXXX/cellranger-6.1.1:$PATH 根据官网的教程Installing Cell Ranger -Software -Single Cell Gene Expression -Official 10x Genomics Support，下一步应该直接输入 cellranger 以查看是否配置成功，但是报错提示 [User@localhost bin]$ cellra
如何使用Cell Ranger处理10x 单细胞转录组测序数据
weixin_47890536的博客
04-20 2709
进入10x软件官网，下拉找到Cell Ranger，点击Download跳转至下载界面，该界面有Cell Ranger软件和参考基因组等资源，可以下载Cell Ranger软件压缩包上传至服务器，也可以复制这段代码在服务器下载。需注意的是，进入这些网站需要填写个人信息，包括姓名、邮箱、机构等。下载完成后，直接解压缩，在文件夹下面有以下文件，将软件添加至环境变量，并运行cellranger count --help检测能否成功运行Cell Ranger。
10X单细胞测序分析软件:Cell ranger，从拆库到定量
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悟道西方
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撰文：周运来，一个读序列天书的公子哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。大型测序工厂的螺丝钉，统计草原上的游牧者。(https://www.jianshu.com/u/06ae70ef31bc)...
aggr代码 cellranger_cellranger使用的初步探索（1）
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12-21 1620
本篇笔记是按照单细胞天地公众号教程里的代码练习的，因为之前了解到cell ranger运行需要大量的内存，无奈自己的电脑配置不行，现在有了服务器，那就要把这一节补起来~参考文章：1.单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项2.单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探3.单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览练习数据：GSE117988。首先在GEO网站上看一下作者对...
如何安装Cellranger
05-11
Cellranger是10x公司开发的一个软件，用于处理单细胞RNA测序数据。您可以按照以下步骤安装Cellranger： 1. 首先，您需要在10x Genomics网站上注册一个账号，并且购买Cellranger的许可证。 2. 下载适合您操作系统的Cellranger安装包。 3. 解压缩下载的安装包，进入解压缩后的目录。 4. 打开终端或命令行窗口，切换到解压缩后的目录。 5. 运行以下命令安装Cellranger： ``` ./cellranger-xxx/cellranger ``` 其中，`xxx`是Cellranger版本号，例如`cellranger-6.0.0`。 6. 安装完成后，您可以通过运行以下命令检查Cellranger是否成功安装： ``` cellranger --version ``` 如果返回了Cellranger的版本号，则说明安装成功。 请注意，安装Cellranger前需要确保您的系统满足其要求，例如操作系统版本、内存和硬盘空间等。您可以在10x Genomics网站上查看Cellranger的详细要求。
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