生信豆芽菜-细胞丰度比较

最新推荐文章于 2024-07-19 14:20:47 发布
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文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析
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网址：生信豆芽菜-细胞丰度比较
一、使用方法
1、数据准备

这里需要上传一个行为样本，列为细胞评分的矩阵数据
在这里插入图片描述

分组信息
在这里插入图片描述

2、选择检验的方法，其中两组的可以选择用wilcox.test/test，三组的可以选择用kruskat.test/anova
3、分组的颜色，有几个分组选几个颜色
4、输入图例的标题，Y轴的标题图片的宽度和高度
直接提交即可
在这里插入图片描述

二、结果
运行后直接下载即可

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据
在这里插入图片描述

木之如水
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生信豆芽菜-细胞丰度占比图
weixin_43949246的博客
08-17 51
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，还可以关注：豆芽数据分析。这里需要上传一个行为样本，列为细胞评分的矩阵数据。直接提交就可以等待运行结果。1、如果是分组信息为空，则。2、如果分组信息不为空，则。
生信豆芽菜-EPIC预测免疫评分
weixin_43949246的博客
08-15 221
它通过基因表达数据来推断肿瘤样本中免疫细胞和肿瘤细胞的存在比例。免疫评分预测和解释：根据EPIC的计算结果，可以得到肿瘤样本中免疫细胞和肿瘤细胞的相对比例。通过对这些比例的分析和解释，可以获得有关肿瘤免疫状态和整体免疫评分的信息。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注我们公众号：豆芽数据分析。运行后生成，data.pre.txt文件，既可以各个细胞预测的丰度。一个全编码蛋白的表达谱基因，其中行为基因，列为样本。2、直接提交，输入运行队列的名称，等待运行结果即可。
生信豆芽菜-机器学习筛选特征基因
weixin_43949246的博客
09-06 505
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。第二个文件：分组信息，第一列为样本名，第二列为患者分组。这里选择是lasso，每一个基因对于分组的贡献。2、选择机器学习的方法，然后提交等待结果即可。第一个文件：特征表达数据。第三个文件：分析基因名。
生信豆芽菜-oncoPredict预测药物的敏感性
weixin_43949246的博客
08-17 690
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。准备一个行为基因，列为样本的表达谱矩阵即可。2、选择训练集数据库，提交等待运行成功即可。
生信豆芽菜-ESTIMATE预测免疫评分
weixin_43949246的博客
08-15 810
它通过分析基因表达数据来估计肿瘤组织中间质细胞和免疫细胞的相对丰度，从而提供免疫评分的预测。它可以帮助研究人员预测肿瘤样本中免疫细胞的存在程度，评估免疫细胞的浸润水平，从而为研究肿瘤免疫生物学特征、预测患者对免疫治疗的反应以及指导治疗方案提供有价值的信息。根据ESTIMATE的计算结果，可以得到肿瘤样本的免疫评分预测。该评分反映了肿瘤样本中免疫细胞和间质细胞的丰度，可用于评估免疫细胞浸润情况和免疫反应水平。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，还可以关注：豆芽数据分析。
生信豆芽菜-TIDE分析
weixin_43949246的博客
08-15 1151
该工具主要有以下功能模块：预测反应（Predict Response）：为每个肿瘤样本计算的TIDE评分可以作为替代生物标记物，预测对免疫检查点阻断的反应，包括黑色素瘤和NSCLC的抗PD1和抗CTLA4。2、选择肿瘤类型等等，这里需要注意是如果数据没有进行scale标准化，则需要选择在是否选择scale上选择yes。TIDE代表肿瘤免疫功能障碍和排斥，用于评估肿瘤样本基因表达谱中肿瘤免疫逃逸的可能性。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。
生信豆芽菜-多种算法计算免疫浸润
weixin_43949246的博客
08-15 455
它利用肿瘤组织的基因表达数据，通过分析特定的基因集合来估计不同免疫细胞亚群的相对丰度。5、Quantiseq（Quantitative Sequencing）是一种用于计算免疫细胞丰度的方法，它通过基因表达数据的定量测量来推断不同免疫细胞类型在样本中的存在程度。1、CIBERSORT是一种用于计算免疫细胞相对丰度的计算工具，可以通过分析基因表达数据估计复杂组织或血液样本中不同免疫细胞类型的相对丰度。使用基因表达数据和参考数据集，Timer通过比较样本中标记基因表达的模式，推断不同免疫细胞类型的相对丰度。
生信豆芽菜-山峦图分析使用说明
weixin_43949246的博客
08-11 330
山峦图（Ridgeline plots），本质上是多个核密度曲线图的相互重叠组合，也可以看作是只有半个“小提琴”的横向小提琴图，主要用于展示和比较数据（比如基因的表达量、物种的丰度等）的分布情况。准备数据:可以是两列也可以是多列数据，第一列为样本名，该名称要与后面的分组的样本名对应，后面可以是基因表达量（也就是我们想要展示某一个特征的数值）如果是多个特征，可以选择分面（yes），分面后的数据，显示的就是每一个特征的表达图，也可以选择分面（no），显示的就是所有特征综合表达图。
生信豆芽菜-limma差异分析使用说明
weixin_43949246的博客
08-09 1380
limma的分析过程包括ANOVA分析、线性回归等，可以用于RNA-Seq和芯片数据的差异分析表达。在差异分析中，p值的大小反应的是分组样本的重复性，组内重复性越好，p值往往越小，在分析的过程中，我们一般认为满足p0的基因为在C1组中高表达，log2(FC)
生信质控分析-FastQC
01-13
**FastQC：生信质控分析的基石** FastQC是一款广泛应用于生物信息学领域的基础软件，专门用于对高通量测序数据进行质量控制（QC）分析。在高通量测序技术如Illumina、PacBio或ONT等产生的海量数据中，FastQC能够...
华中科技大学生信专业课件--基因芯片
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华中科技大学生信专业课件.基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列...
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
以`clusterProfiler`为例，这个包包含了广泛的功能注释数据库，如KEGG、GO（生物过程、细胞成分、分子功能）和Reactome等。使用`clusterProfiler`，我们首先需要获取差异表达基因列表，然后执行富集分析，最后绘制...
免疫细胞浸润（生信自学网）
01-20
06
Bubbliiiing 的 Retinaface rknn python推理分析
gaoxukkk888的博客
07-18 1003
使用的是Bubbliiiing的深度学习教程-Pytorch 搭建自己的Retinaface人脸检测平台的模型，下面是项目的Bubbliiiing视频讲解地址以及源码地址和博客地址；作者的项目讲解视频：https://www.bilibili.com/video/BV1yK411K79y/?项目源码地址：https://github.com/bubbliiiing/retinaface-pytorch。
科研绘图系列：R语言饼图（pie chart）
H20230717的博客
07-17 683
科研绘图系列：R语言饼图（pie chart）
RoCE（RDMA over Converged Ethernet）网络速率测试工具
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格物智慧SkyPhy
07-19 359
在GPU集群环境中，特别是对于采用NVIDIA GPU的系统，NCCL（NVIDIA Collective Communications Library）提供了用于测试包括RoCE在内的高速网络互联性能的工具。进行RoCE网络速率测试时，选择合适的工具取决于具体的测试需求、网络环境以及是否需要支持特定的测试场景或功能。PerfTest套件也提供了对RoCE性能的测试功能，允许用户配置不同的测试场景，如带宽测试、延迟测试等，以全面评估RoCE网络的性能。
Nature子刊 | ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组联合分析揭示脂质激活转录因子PPARα在肾脏代偿性肥大的作用机制
Igenebook的博客
07-19 1088
在这篇文章中，作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制，构建了单侧肾切除的小鼠模型，通过三种不同的组学方法（ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学），鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用，肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加，可能是PPARα激活的潜在机制，接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证，证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。图1.单侧肾切除术（UNx）后的代偿性肥大发生迅速，主要是由于近端小管中细胞体积的增加。
R语言进行K折交叉验证问题
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07-17 399
【代码】R语言进行K折交叉验证问题。错误: C5.0 models require a factor outcome > (1-mean(E0));(1-mean(E1))

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