生信豆芽菜-柱状图加热图

最新推荐文章于 2024-07-19 14:20:47 发布
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文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析 算法
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网址：http://www.sxdyc.com/visualsBarCliHeatmap
1、数据准备
这里展示的随着风险得分的增加， 不同表型特征的分布，第一列为风险得分，后面几列为分组信息，不要出现连续型变量
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2、选择分组的颜色，输入图片的高度，宽度，这里需要注意的是有一个阈值，通过该阈值对第一列风险得分划分高低组，可以选择输入median（中位数），mean(平均数)，或者是other，这里需要输入具体的数值，提交等待运行成功即可。
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3、结果
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当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析
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木之如水
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生信豆芽菜-两组比较的柱状图
weixin_43949246的博客
08-17 72
2、输入图片的宽度和高度，如果这里选择不转置，选择颜色，这里的颜色个数由输入数据第一列分组的个数决定，如果选择转置，选择颜色，这里的颜色个数由输入数据第二列分组的个数决定，当然，你可以多选几个颜色，他会自动选择前几个，提交等待运行成功即可。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。
生信豆芽菜-相关性散点图
weixin_43949246的博客
08-15 77
2、选择想要显示的肿瘤的名称，如果是多个，就用逗号隔开（这里的逗号为英文字符下的逗号）当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，还可以关注：豆芽数据分析。第一个文件：相关性分析结果。
生信豆芽菜-Km曲线
weixin_43949246的博客
09-06 72
一个文件，三列，第一列为样本分组，第二列为患者生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。2、选择分组颜色，有几个分组选几个颜色，提交等待运行结果即可。
生信豆芽菜-EPIC预测免疫评分
weixin_43949246的博客
08-15 221
它通过基因表达数据来推断肿瘤样本中免疫细胞和肿瘤细胞的存在比例。免疫评分预测和解释：根据EPIC的计算结果，可以得到肿瘤样本中免疫细胞和肿瘤细胞的相对比例。通过对这些比例的分析和解释，可以获得有关肿瘤免疫状态和整体免疫评分的信息。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注我们公众号：豆芽数据分析。运行后生成，data.pre.txt文件，既可以各个细胞预测的丰度。一个全编码蛋白的表达谱基因，其中行为基因，列为样本。2、直接提交，输入运行队列的名称，等待运行结果即可。
生信豆芽菜-AUC的计算和绘图
weixin_43949246的博客
09-06 92
2、输入时间（如：这里我们上传的时间为年，输入的时间可以是1,2,3,4，计算的就是1,2,3,4n年的AUC），选择颜色（有几个数值选几个颜色，比如说这里计算了1,3,5三个数值，那么就选择三个颜色），选择图片的样式，线条是否光滑，提交等待运行结果即可。这里需要准备一个四列的数据，第一列为样本名，第二列为生存时间（可以是天/月/年），第三列为患者存活状态，第四列为风险得分（也可以是基因的表达）。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。
生信豆芽菜-细胞丰度占比图
weixin_43949246的博客
08-17 51
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，还可以关注：豆芽数据分析。这里需要上传一个行为样本，列为细胞评分的矩阵数据。直接提交就可以等待运行结果。1、如果是分组信息为空，则。2、如果分组信息不为空，则。
生信豆芽菜-预后分析的森林图
weixin_43949246的博客
09-06 115
需要准备一个单因素cox分析/多因素cox分析的结果文件，第一列为基因名，第二列为p值，第三列为HR，第四列为HR.95L，第五列为HR.95H。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。2、选择样式，输入图片的高度和宽度，点击提交等待运行结果。
生信豆芽菜-山峦图分析使用说明
weixin_43949246的博客
08-11 330
山峦图（Ridgeline plots），本质上是多个核密度曲线图的相互重叠组合，也可以看作是只有半个“小提琴”的横向小提琴图，主要用于展示和比较数据（比如基因的表达量、物种的丰度等）的分布情况。准备数据:可以是两列也可以是多列数据，第一列为样本名，该名称要与后面的分组的样本名对应，后面可以是基因表达量（也就是我们想要展示某一个特征的数值）如果是多个特征，可以选择分面（yes），分面后的数据，显示的就是每一个特征的表达图，也可以选择分面（no），显示的就是所有特征综合表达图。
生信豆芽菜-样本分布比较的圈图
weixin_43949246的博客
08-23 35
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注豆芽数据分析。样本的分组信息，其中第一列为需要比较组，其他都是默认和第一个进行比较。2、输入图片的宽度和高度，选择颜色的类型，提交后，等待运行成功即可。
生信质控分析-FastQC
01-13
**FastQC：生信质控分析的基石** FastQC是一款广泛应用于生物信息学领域的基础软件，专门用于对高通量测序数据进行质量控制（QC）分析。在高通量测序技术如Illumina、PacBio或ONT等产生的海量数据中，FastQC能够...
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华中科技大学生信专业课件.基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列...
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Bubbliiiing 的 Retinaface rknn python推理分析
gaoxukkk888的博客
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使用的是Bubbliiiing的深度学习教程-Pytorch 搭建自己的Retinaface人脸检测平台的模型，下面是项目的Bubbliiiing视频讲解地址以及源码地址和博客地址；作者的项目讲解视频：https://www.bilibili.com/video/BV1yK411K79y/?项目源码地址：https://github.com/bubbliiiing/retinaface-pytorch。
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Nature子刊 | ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组联合分析揭示脂质激活转录因子PPARα在肾脏代偿性肥大的作用机制
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在这篇文章中，作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制，构建了单侧肾切除的小鼠模型，通过三种不同的组学方法（ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学），鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用，肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加，可能是PPARα激活的潜在机制，接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证，证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。图1.单侧肾切除术（UNx）后的代偿性肥大发生迅速，主要是由于近端小管中细胞体积的增加。
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