生信豆芽菜-预后分析的森林图

最新推荐文章于 2024-08-23 13:46:43 发布
最新推荐文章于 2024-08-23 13:46:43 发布
阅读量129 收藏
点赞数
文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析 算法 机器学习
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/132710296
版权

网址：http://www.sxdyc.com/visualsBioForest
一、使用方法
1、数据准备
需要准备一个单因素cox分析/多因素cox分析的结果文件，第一列为基因名，第二列为p值，第三列为HR，第四列为HR.95L，第五列为HR.95H
在这里插入图片描述

2、选择样式，输入图片的高度和宽度，点击提交等待运行结果
在这里插入图片描述

二、结果
样式一： 在这里插入图片描述
样式二：
在这里插入图片描述

当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析

在这里插入图片描述

木之如水
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
绘制cox生存分析结果的森林图
庐州月光的博客
05-30 4943
欢迎关注”生信修炼手册”!在之前meta分析的文章中我们介绍了森林图的画法，典型的森林图如下所示每一行表示一个study，用errorbar展示log odds ratio值的分布，并将p值和m值标记在图中。森林图主要用于多个study的分析结果的汇总展示。在构建预后模型时，通常会先对所有基因进行单变量cox回归，然后筛选其中显著的基因进行多变量cox回归来建模，对于co...
Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化
weixin_39556044的博客
10-08 1万+
本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。 Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见，其实COX生存分析也能用森林图展示。 ​ 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析（1），诺莫图展示COX结果Nomogram（诺莫...
R-forestplot包| HR结果绘制森林图
热门推荐
weixin_39556044的博客
10-14 1万+
本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。 上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森...
生信豆芽菜-预后之lasso分析
weixin_43949246的博客
09-06 207
在最小二乘基础上增加了一个惩罚项来对估计参数进行压缩，当参数缩小到小于一个阈值的时候，就令它变为0，从而选择出对因变量影响较大的自变量并计算出相应的回归系数，最终能得到一个比较精简的模型。第一列为样本名，第二列为生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。第一个文件：行为基因，列为样本的表达谱矩阵，其实第一列不能重名；2、直接提交等待运行即可，默认是使用10倍交叉。第三个文件：进行lasso分析的基因。
生信豆芽菜-预后模型比较c-index计算
weixin_43949246的博客
09-06 130
第三个文件：module中的特征基因（这里要注意，包含两列数据，第一列为特征基因，第二列为特征基因集来自于模型，这里可以用自己的模型与其他人构建的模型进行比较）当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据。2、输入图片的高度和宽度，提交等待运行结果即可。第一个文件：表达谱数据，行为基因，列为样本。第二个文件：生存数据。
生信豆芽菜-101种算法组合构建预后模型
weixin_43949246的博客
09-06 145
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据。2、选择两组颜色，提交等待运行结果即可。
生信豆芽菜-单基因预后
weixin_43949246的博客
08-14 64
该工具主要用于查看单基因在泛癌的预后情况，这里默认用火山图展示。提交后等待运行成功即可，还可以关注公众号：豆芽数据分析。
生信豆芽菜-Km曲线
weixin_43949246的博客
09-06 78
一个文件，三列，第一列为样本分组，第二列为患者生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。2、选择分组颜色，有几个分组选几个颜色，提交等待运行结果即可。
生信豆芽菜-TIDE分析
weixin_43949246的博客
08-15 1203
该工具主要有以下功能模块：预测反应（Predict Response）：为每个肿瘤样本计算的TIDE评分可以作为替代生物标记物，预测对免疫检查点阻断的反应，包括黑色素瘤和NSCLC的抗PD1和抗CTLA4。2、选择肿瘤类型等等，这里需要注意是如果数据没有进行scale标准化，则需要选择在是否选择scale上选择yes。TIDE代表肿瘤免疫功能障碍和排斥，用于评估肿瘤样本基因表达谱中肿瘤免疫逃逸的可能性。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
使用`clusterProfiler`，我们首先需要获取差异表达基因列表，然后执行富集分析，最后绘制富集图和条形图以可视化结果。 以下是一般步骤： 1. **数据准备**：导入基因表达数据和相应的差异表达基因列表。这可能来自...
生信质控分析-FastQC
01-13
**FastQC：生信质控分析的基石** FastQC是一款广泛应用于生物信息学领域的基础软件，专门用于对高通量测序数据进行质量控制（QC）分析。在高通量测序技术如Illumina、PacBio或ONT等产生的海量数据中，FastQC能够...
华中科技大学生信专业课件--基因芯片
07-09
华中科技大学生信专业课件.基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列...
生信分析服务器配置脚本
08-13
生信分析linux环境配置，安装分析软件环境，需要root权限
生信分析论文套路R语言代码
12-05
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...
RKNN在转换过程中的均值和方差设置问题
weixin_44133371的博客
08-20 334
为什么ONNX转RKNN要匹配均值和方差？因为不匹配精度会下降！！！
R 语言学习教程，从入门到精通，R Excel 文件使用（18）
qq_45746668的博客
08-19 359
Excel 格式的文件主要是 xls 或 xlsx，这两种文件可以在 R 语言中导入 xlsx 库来实现直接的读取。 R 语言读写 Excel 文件需要安装扩展包，
基于R语言遥感随机森林建模与空间预测
weixin_48230888的博客
08-20 504
因此，遥感随机森林建模与空间预测的应用能够有效提升遥感数据分析的精度和可靠性，是许多研究者关注的热点。在R语言中，随机森林的实现与应用非常方便，R语言提供了多种包用于构建和优化随机森林模型。此外，R语言在数据可视化方面的优势使得用户能够直观地展示模型的结果和变量的重要性，进一步提高了分析的可解释性和应用价值。因此，R语言中的随机森林工具因其易用性、灵活性和强大的功能，成为遥感数据分析中不可或缺的工具。（2）R语言基础语法与数据结构，包括：程序包安装、加载、更新，数据读取与输出，ggplot2常规画图等。
企业中需要哪些告警Rules
最新发布
s1440350254的博客
08-23 1049
Prometheus中的告警规则允许你基于PromQL表达式定义告警触发条件，Prometheus后端对这些触发规则进行周期性计算，当满足触发条件后则会触发告警通知。在企业中，为了确保业务的稳定性和可靠性，Prometheus告警规则非常重要。在企业中，不同的业务拥有不同的指标和告警规则。例如，对于ToC平台，需要监控订单量、库存、支付成功率等指标，以确保业务的正常运行。企业中通常会有多个环境，例如开发、测试、预生产和生产环境等。由于每个环境的特点不同，因此需要为每个环境制定不同的告警规则。
RNA-seq数据分析：生信实战指南
"《二代测序手册》是一本专门针对生物信息学分析的实用指南，尤其专注于RNA-seq数据的分析。这本书属于Chapman & Hall/CRC的数学与计算生物学系列，旨在综合介绍数学、统计和计算方法在生物学及医学中的应用。书中...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值