关于转录因子的总结

Redirectinghttps://doi.org/10.1016/j.cell.2018.01.029

The Human Transcription Factors-2018

1--如何识别TF？

1. 定义

        TF即能够以序列特异性方式结合DNA并调节转录的蛋白质。

        转录因子与特异性DNA结合通常概括为motif，即给定TF优先的相关短序列组的模型。可以用于扫描较长序列以鉴定是否存在潜在的TFBS。

2. 如何识别TF？

早期通常通过如DNA酶足迹法、迁移率变化法 鉴定结合位点，再使用N-末端肽测序、噬菌体文库、单杂交筛选 鉴定 特定结合蛋白。后续通过实验方法鉴定（单杂交测定、DNA亲和纯化-质谱、蛋白质微阵列）。

DNA酶足迹法 DNase-footprinting	鉴定特定蛋白质与特定DNA序列之间相互作用。 将标记的DNA片段与感兴趣的蛋白质混合，用DNase I轻微消化未被蛋白质结合的DNA区域，通过凝胶电泳分析消化产物，可以观察到一个足迹，即未被切割的DNA片段，表明蛋白质结合的位置。
迁移率变换 EMSA	鉴定DNA与蛋白质的直接相互作用 将带标记的DNA与蛋白质混合，混合物通过凝胶电泳，如果蛋白质与DNA结合，复合物的迁移速度会因为其大小和形状的改变而减慢，从而在凝胶上形成可视化的带，表明结合发生。
N-末端测序	鉴定与DNA结合的蛋白质的N-末端氨基酸序列，有助于确定蛋白质的身份，或修饰状态。 后续用Edman降解（顺序的从多肽链的N端移除氨基酸，每移除一个可以通过特定的化学反应检测）或质谱鉴定
噬菌体展示库 phage display	利用噬菌体来展示大量的胎或蛋白质库。通过将噬菌体与特定的DNA序列接触，可以筛选出与该DNA序列具有高亲和力的蛋白质或肽，从而鉴定潜在的DNA结合蛋白。
单杂交筛选 Yeast One-Hybrid	基于酵母的遗传筛选技术，用于鉴定能够结合到已知DNA序列的蛋白质。 DNA序列被用作诱饵，插入到一个报告基因的启动子区域之前，若有蛋白质能结合到该区域，他将激活一个报告基因（酵母细胞生长所需的营养 或 化学发光、变色可检测的标记物），从而可以通过筛选阳性克隆来鉴定结合蛋白。
DNA亲和纯化-质谱 DAP-MS	高通量技术，鉴定与特定DNA序列相互作用的蛋白质。 将带有生物素标记的DNA探针 与 细胞裂解物混合，允许DNA结合蛋白质吸附，通过亲和纯化，（利用生物素与链霉亲和素的亲和作用）来富集结合混合物，将与DNA结合的蛋白质从珠子上洗脱下来，用蛋白酶处理未较小的肽段。肽段送入质谱仪进行分析，鉴定蛋白质。

目前已知和推定的TF已经通过先前表征的 DNA结合结构域（DBD）的序列同源性来鉴定，也用于对TF进行分类。

大多数转录因子会有多个潜在结合位点，TF之间的协同性和协同作用，为这种特异性缺陷提供了解决方案。

2--TF的协同性

后生动物的TF一般需要共同作用才能与DNA结合，在效应功能中实现所需的特异性。

TF有多种合作方式，如帮助相互结合DNA（协同结合），或通过不同机制影响染色质状态或转录（协同调节），协同结合常常影响复合物中TF的序列偏好，并对两个结合位点之间的间隔序列产生限制。

不同的染色质重塑器（TFs）具有特定的DNA序列 和或 核小体构想的偏好，即核小体与核小体的定位机制 也赋予了TF功能上额外的DNA序列特异性。

3--TFs如何影响转录？

TF在与DNA结合时影响转录的方式有很多，一些可以直接招募RNA聚合酶，一些可以招募促进特定转录阶段的辅助因子。这些 共激活因子 和 辅阻遏物 通常是大的 多亚基蛋白质复合物，或多结构域蛋白质，涉及染色质结合、核小体重塑、组蛋白或其他蛋白质结构域的共价修饰。

特异性的效应结构域 通常可以介导TF特异性辅助因子的招募。

TF传统上被归类为 激活物 和 阻遏物，而许多TF根据所在序列的位置 和辅助因子的作用，可以招募具有相反作用的多种辅助因子。如MAX与MNT或MXD1以异二聚体形式与DNA结合时，起抑制作用，而作为异二聚体与MYC结合时 起激活作用。

4--人类TFs合集

该综述手工查询了2765种蛋白质（总结了文献和网站中 的 通过高通量、中通量、低通量等实验方法鉴定的TFs），上传到'HumanTFs'网站，每个TF有单独页面，以及每种DBD类型的已知motif 以及 序列比对。

最终记录的 1639 个已知或潜在的 人类TFs，大约四分之三（1211）具有与其结合的motif。许多TF识别相似的motif，通常对应TF家族或亚家族。

TF的演变通常比它们的调控位点演变慢得多。尽管如此，TF的motif、结合物、表达模式 都在不停的改变着。

基因的组织细胞类型，包括TFs的特异性表达，通常对应着相应的特定功能。如SOX2、POU3F2几乎只在大脑皮层中表达。

TFs占所有人类基因的8%，与多种疾病和表型相关，TFs突变通常是高度有害的，这也解释了为什么TF编码位点富含 超保守的位点。

基因组中的大多数功能性DNA都是具有调节性的，TFs在其的识别和功能发挥中起着核心作用。面临的挑战包括 解决调节相同基因的多种元件之间的协同作用和冗余，预测E-P联系、沿染色体及其三维结构上大规模调控的模式探索、各种类型的表观遗传记忆。----以TF的方式解码基因组。

A transcription factor atlas of directed differentiation-2023

1. 单个TF的过表达就足以导致细胞命运的深刻变化，如改变TF的表达可以诱导多能干细胞向特定类型细胞的再分化。而多个TF组合的过表达，可以在基因调控网络中的产生更大的变化，如过表达四个TF（Oct4、Sox2、Klf4、c-Myc）就能将成熟细胞编码为多能干细胞。

这些发现强调了TF驱动cell state变化的能力，也强调了TF的过表达在理解调控细胞命运的基因表达程序方面的效用。

2. 人类基因组中有超过1800个TF基因，编码了超过3500个TF异构亚型，创造了一个巨大的基因调控景观。

本研究创建了一个涵盖了人类所有TF异构亚型（3548个）的条形码文库，并将其用于构建TF图谱（TF Atlas），以单细胞分辨率绘制了每个TF过表达在人类胚胎干细胞（hESCs）中引起的表达谱变化。该TF Atlas既可以系统的识别  驱动细胞状态改变 的TF，也可以对TF分类，还可以用来预测和验证不同TF组合对细胞的影响。

3. 实现对TF的过表达有两种方法，①通过CRISPRa激活内源TF表达；②直接过表达TF的开放阅读框ORF。该文章在人胚胎干细胞hESCs验证了这两种方法的效果，结果显示，直接过表达NEUROD1或NEUROG2的ORF，可以诱导hESCs分化为神经元，而CRISPRa不行，可能是因为hESCs中存在转录后调控机制，能够缓冲蛋白质过表达。

4. 该团队构建了人类TF条形码文库，由1836个基因编码的3548个TF异构亚型组成。将这些TF条形码文库转导到hESCs中，对细胞进行scRNA-seq，获得了110万个单细胞RNA测序结果，以单细胞分辨率绘制了过表达每个TF的hESCs的表达谱。

通过scRNA-seq分析TF效应的方法  最大限度的扩大了TF诱导细胞状态的可能范围。

然后将TF诱导的表达谱 映射到参考细胞类型，验证用于生成不同细胞类型的候选TFs。基于此，可以创建定制的细胞疾病模型，并整合mRNA表达和染色质可及性数据，识别下游调控因子。预测不同TFs组合对细胞的影响，加速细胞工程研究。