基因、转录组的命名

博客介绍了基因相关知识,一个基因可转录成多个转录本,每个转录本可翻译为一个蛋白。还介绍了三个数据库,NCBI - Entrez用数字ID标识基因;NCBI - GenBank有特定命名规则;Ensembl对基因、转录本和蛋白质有不同标识。

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一个基因(Gene)可以通过不同方式被转录(Transcription)成多个转录本(Transcript),每个转录本可以被翻译(Translation)成一个蛋白(Protein)。

NCBI-Entrez

基因通常用一个数字ID来标识。

如Beta-globin基因的Entrez Gene ID:3043。这个ID是一个独特的数字代码,用于在数据库中唯一标识一个基因。

NCBI -GenBank

命名规则是以两个字母开头:

NM_、XM_命名的:mRNA序列,对应蛋白是NP_、XP_

NR_、XR_命名的:功能性的非编码RNA序列(如rRNA、tRNA、miRNA、lncRNA)

N表示有一定实验数据支撑,X表示通过计算机算法计算得到

这些命名记录的是一种状态,会随着数据库更新而改变。

Ensembl

基因:ENSG

转录本:ENST。一个基因可以有多个转录本

蛋白质:ENSP

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