往TraesCS6B03G0578500.1.bed写入文件
Chr6B IWGSC_v2.1 exon 299893989 299894056 100 - . ID=TraesCS6B03G0578500.1.exon2;Parent=TraesCS6B03G0578500.1;Name=TraesCS6B02G215300.1.exon1;Target=TraesCS6B02G215300.1 812 879 +
less TraesCS6B03G0578500.1.bed | awk '{print $1,$5,$5+300,$6,$7,$9}' | cut -d "." -f1,2 | sed -e 's/ID=//g' | awk '{print $1,$2,$3,$6,$4,$5}'|sed -e 's/ /\t/g' > TraesCS6B03G0578500.1.bed1
查看bed文件:bed中的第五列就是gff3中的第六列,bed中的第六列是正负链
Chr6B 299894056 299894356 TraesCS6B03G0578500.1 100 -
提取序列
bedtools getfasta -fi ../iwgsc_refseqv2.1_assembly.fa -bed TraesCS6B03G0578500.1.bed -s -name -fo TraesCS6B03G0578500.1.bed.out.txt在这里插入代码片
查看TraesCS6B03G0578500.1.bed.out.txt
>TraesCS6B03G0578500.1(-)
GTTGAATATGAGCATGTTTTACTTTGAAATGGAGGTAAAAGATTTACCTCATTCCCTTAATTAGATGAGAATTTAGTCATGACATGGACAAAGCCAAACAAAGCAGCCAAAAAGAGCCCAACAAGAAAAAAGCCTACTTTCGTGGTAGGATGCTCCCTAGATGTGCCCCCCCCCCTCCCCGCGAGTCAACAATTGGCGCCTCCTTCTTGTATTAAGCATATATAGCATTATGCGATCATGGTCAAGGTAATCCTTCATGTTGTAGGTGTGTGACATTATGTAAATTGTCTTTTCATTACA