DNA甲基化数据分析专题

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DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记，能够调控基因的表达，在生长发育和疾病相关研究领域都有着重要意义。测定甲基化的手段有很多，芯片作为一种成熟的手段，其稳定性，可重复性以及性价比，使得在DNA甲基化研究领域芯片占据了半壁江山。

对于human来说，目前主流的DNA甲基化芯片有450K 和 850K 两种，都是illumina 公司研发的。这里的 450K 和 850K 指的是芯片上探针的数量，对应可以检测的甲基化位点个数。本文整理了DNA甲基化芯片分析的相关资料，首先是初步的认知

• 初识DNA甲基化芯片

• DNA 甲基化芯片中的bead到底是什么

• beta 值和 M 值: 衡量样本甲基化水平的金标准

• DNA甲基化芯片探针的P值如何计算

• 甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么

接下来是分析软件的操作，常用的软件有GenomeStudio, Minfi, ChAMP这3种，GenomeStudio相关资料如下

• illumina 官方提供的甲基化芯片分析软件 GenomeStudio - 安装篇

• GenomeStudio methylation : 对DNA甲基化水平进行定量

• GenomeStudio 中的背景校正和归一化算法

• 使用GenomeStudio 鉴定差异甲基化位点

Minfi相关资料如下

• minfi 分析甲基化芯片数据-数据导入篇

• minfi 分析甲基化芯片数据 - 质量过滤篇

• minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇

• minfi 分析甲基化芯片数据-差异分析篇

• minfi 分析甲基化芯片数据-pipeline篇(附完整代码)

ChAMP相关资料如下

• ChAMP R包安装中的事故

• ChAMP 分析甲基化芯片数据-数据导入篇

• ChAMP分析甲基化芯片数据-QC篇

• ChAMP 分析甲基化芯片数据-归一化篇

• ChAMP分析甲基化芯片数据-差异分析上篇

• ChAMP 分析甲基化芯片数据-差异分析下篇

• ChAMP分析甲基化芯片数据-GSEA篇

• ChAMP 分析甲基化芯片数据-EpiMod篇

同时也提供了基于测序的甲基化分析资料

• bismark对参考基因组建立索引

• bismark 识别甲基化位点-比对篇

• bismark 识别甲基化位点

• bismark 识别甲基化位点-可视化篇

• methylKit 进行差异甲基化分析

• bsseq 进行差异甲基化分析

最后就是DNA甲基化相关的数据库

• DiseaseMeth 人类疾病相关的甲基化信息数据库

• PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库

• iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

• MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库

• MethyCancer : 癌症相关的甲基化基因数据库

DNA甲基化主要以芯片为主，只需要掌握对应R包的使用，就可以轻松分析甲基化芯片的数据。

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• CCLE:肿瘤细胞系百科全书

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• HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件

• HiC-Pro实战详解

• 3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具

• HiCPlotter:Hi-C数据可视化工具

• 3CDB:基于3C技术的染色质互作信息数据库

• 3DIV:染色质空间互作数据库

• 4DGenome:染色质相互作用数据库

• 4D nucleome project:染色质三维结构研究必不可少的参考项目

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• 使用WashU Epigenome Browser可视化hi-c数据

• HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

• Hi-C Data Browser:Hi-C数据浏览器

• 使用FitHiC评估染色质交互作用的显著性

• 使用TADbit识别拓扑关联结构域

• 使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据

• hi-c辅助基因组组装简介

• 文献解读|使用hi-C数据辅助埃及伊蚊基因组的组装

chip_seq数据分析

• Chip-seq简介

• chip_seq质量评估之计算样本间的相关性

• chip_seq质量评估之查看抗体富集效果

• chip_seq质量评估之PCA分析

• chip_seq质量评估之coverage分析

• chip_seq质量评估之FRiP Score

• chip_seq质量评估之cross correlation

• chip_seq质量评估之文库复杂度

• depth, bedgraph, bigwig之间的联系与区别

• bigwig归一化方式详解

• 使用igvtools可视化测序深度分布

• 使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

• 使用deeptools查看reads分布特征

• 使用phantompeakqualtools进行cross correlation分析

• blacklist regions:NGS测序数据中的黑名单

• MACS:使用最广泛的peak calling软件之一

• MACS2 peak calling实战

• 使用SICER进行peak calling

• 使用HOMER进行peak calling

• peak注释信息揭秘

• PAVIS:对peak区域进行基因注释的在线工具

• 使用UPORA对peak进行注释

• 使用GREAT对peak进行功能注释

• annoPeakR:一个peak注释的在线工具

• 使用ChIPpeakAnno进行peak注释

• 使用ChIPseeker进行peak注释

• 使用PeakAnalyzer进行peak注释

• 使用homer进行peak注释

• 利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因

motif

• 关于motif你需要知道的事

• 详解motif的PFM矩阵

• 详解motif的PWM矩阵

• 使用WebLogo可视化motif

• 使用seqLogo可视化motif

• 使用ggseqlogo可视化motif

• MEME:motif分析的综合性工具

• 使用MEME挖掘序列中的de novo motif

• 使用DREME挖掘序列中的de novo motif

• 使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

chip_seq数据库

• ENCODE project项目简介

• FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ReMap:人类Chip-seq数据大全

• IHEC:国际人类表观基因组学联盟

• Epifactors:表观因子数据库

• GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘

• Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库

• chipBase:转录因子调控网络数据

• unibind:human转录因子结合位点数据库

• chip_seq在增强子研究中的应用

• DENdb:human增强子数据库

• VISTA:人和小鼠的增强子数据库

• EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库

• FANTOM5:人类增强子数据库

• TiED:人类组织特异性增强子数据库

• HEDD:增强子疾病相关数据库

• HACER:human增强子数据库

• SEdb:超级增强子数据库简介

• dbSUPER:人和小鼠中的超级增强子数据库

• dbCoRC:核心转录因子数据库

• 使用ROSE鉴定超级增强子

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