有参转录组分析 |基因组信息下载和FQ数据过滤教程

原文链接：参考基因组序列下载和转录组数据过滤

写在前面

这个教程也是前面《转录组上游分析》系列教程的中内容，我们今天单独的给作为一个章节来推送出来，因为，并不是所有人都是有这个系列教程有需求，可能你只是对某一个章节的内容感兴趣呢？

3.1 有独立的网站基因组文件下载

• 大部分的作物有自己基因组注释网址，我们需要自己的去寻找

模式植物中，拟南芥、番茄、 烟草等都有自己的基因组网址。

茄科类作物基因组：https://solgenomics.net/organism/solanum_lycopersicum/genome

我们点击，Tomato就可以进入到我们的网址界面，如下图所示。

这里显示了，Tomato最新的参考基因组序列和注释文件（SL 4.0和ITAG4.0），以及也有JBrowse等工具链接。进入对应的网址，即可下载参考基因fa文件和注释文件（gtf或gff格式）

• 基因组FA格式

• 注释文件

• gff格式

• gff格式

3.2 NCBI 中下载基因组文件

• 如果自己的物种基因组没有单独的网址，如何做呢？

可以根据NCBI中进行下载

步骤：

1. 进入NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

2. 输入需要寻找的基因组名称 （可以是作物名或是拉丁名）

，点击“search"后即可看到以下的界面，其中”Geneome"就是作物的基因组数据，点击进去。

3. 在此界面就是我们的作物的基因组信息，有版本信息，geneome，transcript，protein,GFF，GenBank等信息。
   

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点击即可下载，我们可以直接复制连接到服务器中下载，也可以本地直接下载，后上传到服务器中。

3.3 注释文件gtf格式和gff格式

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