alpha-fold3 使用

已于 2024-07-09 20:22:53 修改
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分类专栏： alpha fold 文章标签： 人工智能
于 2024-07-08 21:19:09 首次发布
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进入之后一般进入这样的一个页面

我们发现我们的server是灰色的

使用谷歌账号登陆后server将不受限

具体页面是这样的

选择一个示例可以提交任务

点击之后可以看到具体生成的样式

蓝色代表置信度较高，黄色橙色则代较差

右图X轴表示'Scored Residue'(评分残基)，Y轴表示'Aligned Residue'(比对残基)

整个图像是一个绿色热图,表示不同位置的评分残基与比对残基之间的关系。更深的绿色表示该位置的预测误差较小,即预测位置与真实位置更吻合。相反,较浅的绿色表示预测误差较大。

在图的下半部分,有一个颜色条,表示预测位置误差的取值范围,从0到30左右。这反映了整体预测的准确性,数值越小表示预测越准确。

我们还可以使用vscode查看更加具体的蛋白质结构

链接：如何更细致的查看Alpha fold3下载的本地文件——使用vscode版本 ——插件Protein Viewer-CSDN博客

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AlphaFold3（AF3）简单介绍：预测各种生物分子结构和它们之间相互作用的深度学习模型
weixin_42357472的博客
05-09 659
参考：文章地址：AlphaFold3体验官网：《Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold3》 DeepMind 开发的一个用于预测生物分子结构和它们之间相互作用的深度学习模型。
蛋白质结构预测 AlphaFold2、ColabFold、Uni-Fold、ESMFold
weixin_42357472的博客
10-01 5703
AlphaFold2：官方地址 https://github.com/deepmind/alphafoldColabFold：高效封装加速AlphaFold2及 Alphafold2-multimer（四级结构，多条氨基酸预测）Uni-Fold：深势科技参考AlphaFold2推出版本。
AlphaFold3网页服务器的使用
博客而已
05-22 3540
AlphaFold3发布了，虽然还没开源，但服务器版本的已经可用了。下面是我的try。目前的网页服务器，每天一个账号只能提交20条任务，还挺少的，得珍惜着使用。期待之后开源的AlphaFold3。
超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（上）
m0_63153079的博客
09-13 1830
可以从PDB数据库中直接导入蛋白结构，也可以将AlphaFold预测的结果进行可视化，该软件能展示蛋白三级结构的形状、蛋白之间互作界面预测的结果。我们主要看图⑤，可以清楚的看到蛋白不同区段的预测精准度，峰值越高则越精准，通过该图我们选择预测结果最精准的PDB文件进行可视化，在此选。文件，这里面存放着我们预测的蛋白结构结果，如果我们对一个蛋白预测了好几个模型，那么我们该如何选择哪个模型进行可视化？后依次点击File、Open选择我们要打开的PDB文件，就可以看到我们预测的蛋白模型。类格式文件，我们需要的是。
深度技术解读AlphaFold3: 谷歌第三代AI工具精准预测生物大分子四级结构
weixin_4528312的博客
05-09 7262
就在刚刚，Google DeepMind 和 Isomorphic Labs 研究团队推出的革命性人工智能（AI）模型 AlphaFold 3，以前所未有的精确度成功预测了所有生命分子（蛋白质、DNA、RNA、配体等）的结构和相互作用。AlphaFold 3的成功将有助于改变我们对生物世界和药物发现的理解，进而开启人工智能细胞生物学的新时代。
clustalw算法
bigNoseLiu的专栏
09-08 1792
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice.<br />Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins* and Toby J. Gibson** <br /> European Molecular
【独家解读】Nature论文AlphaFold：AI推动科学发现
weixin_48294000的博客
12-03 5484
“独家解读，听听他人的声音”，聆听他人的学术成长经历，对科研问题独到的见解，了解产业界的最新进展，相互学习、相互借鉴、集思广益、共同进步。为此，我们特别开辟“独家解读”专栏，让你在科研道...
alpha fold3整体架构分析
weixin_45599023的博客
07-10 447
输入类型：系统接收多种输入数据，包括序列（sequences）、配体（ligands）和共价键（covalent bonds）。构象生成（Conformer generation）：生成可能的分子构象（3D结构），这些构象将用于进一步的结构预测和优化。功能：进行复杂的特征融合和处理，将前面各模块的输出进行深度整合和计算，生成高质量的特征表示。功能：根据扩散模块的输出，计算预测结果的置信度分数（0-100），并生成最终的结构预测结果。功能：整合来自遗传搜索和模板模块的数据，生成综合的序列特征。
Alpha Fold 2
the_why_cafe的博客
07-30 2184
蛋白质结构预测写在前面一、what is embedding?二、基础知识1.蛋白质结构2.MSA（Multiple Sequence Alignment）三、研究蛋白质结构的重要性1.分析蛋白功能2.制药需求3.节约大量制药资金和时间4.进一步了解生命体结构和历史。四、AlphaFold11.分析蛋白功能五、AlphaFold21.算法实现 写在前面 开源链接： https://github.com/deepmind/alphafold 论文链接：https://www.nature.com/artic
阿尔法fold2人工智能
百态老人的博客
08-01 1627
阿尔法折叠2（AlphaFold 2）是由DeepMind团队开发的人工智能系统，它能够根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构。AlphaFold 2在蛋白质结构预测领域取得了革命性的突破，其预测结果的准确性被认为与实验测定的结构相当接近甚至更好。这一成就在2020年的CASP14（Critical Assessment of Structure Prediction）比赛中得到了验证，AlphaFold 2获得了出色的表现，赢得了该竞赛的冠军。
k_fold_cv函数——bartMachine包内函数详解
丢掉幻想；准备斗争的博客
05-07 913
k_fold_cv函数——bartMachine包内函数详解R bartMachine包下载bartMachine函数全部参数bartMachine参数解释原文bartMachine参数中文解析特别声明参考文献 R bartMachine包下载 R 所有包下载地址 ： https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html R bartMachine包下载地址 ： https://cran.r-project.org/w
扩散模型（2）--1
m0_63860007的博客
09-29 1078
生成模型通过学习并建模输入数据的分布，从而采集生成新的样木，该模型广泛运用于图片视频生成、文本生成和药物分子生成。扩散模型是一类概率生成模型，扩散模型通过向数据中逐步。
基于Keras的U-Net模型在图像分割与计数中的应用
深度学习实战训练营，一起交流探索深度学习
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网络结构优化：项目基于经典的U-Net模型进行改进，采用了更深的网络层次结构，使模型能够在多尺度上捕捉到图像中的细节信息。特别是针对医学图像分割，项目通过增加卷积层数和引入Dropout层来增强模型的特征提取能力，并有效防止过拟合，从而提高模型在训练数据较少情况下的表现。项目中采用了he_normal初始化器和relu激活函数组合，使得网络在训练时能够更快地收敛，降低梯度消失的风险。自定义数据增强策略：在中实现了一个自定义的图像增强类。
大模型~合集5
whaosoft~aiotの开发板商城
10-02 1703
FLock 的机制设计受到了证明权益（PoS）区块链共识机制和桌面游戏《The Resistance》（一种角色扮演类游戏，该游戏的一个变种叫阿瓦隆）的启发。《The Resistance》游戏则通过投票机制，每轮游戏中玩家独立推理并投票，从而实现全局共识。《The Resistance》有两个不匹配的竞争方，其中较大的一方被称为抵抗力量，另一方被称为间谍。在《The Resistance》中，有一个投票机制，在每一轮中，每个玩家进行独立推理并为一个玩家投票，得票最多的玩家将被视为「间谍」并被踢出游戏。
北大对齐团队深度硬核解读：OpenAI o1开启「后训练」时代强化学习新范式
最新发布
ys707663989的博客
10-06 1823
本文深入探讨了OpenAI o1的技术细节、的实现、合成数据与推理搜索的优化，以及AI安全的新启示，展示了大语言模型在推理能力提升和安全对齐方面的最新进展与未来方向。
遥感影像-实例分割数据集：iSAID 从切图到YOLO格式数据集制作详细介绍
GIS潮流
09-30 1546
开源数据集isaid标注包含实例分割，但是原始影像太大，很吃显存，一般显卡无法用原始影像直接训练，所以需要对影像进行裁剪，并生成对应的标签，因为想用yolo系列跑模型，所以将标签需要转为txt格式。
# Label encoding train['EJ'] = train['EJ'].map({'A': 0, 'B': 1}) test['EJ'] = test['EJ'].map({'A': 0, 'B': 1}) scaler = StandardScaler() df, test_df = train.copy(), test.copy() new_num_cols = train.select_dtypes(include=['float64']).columns df[new_num_cols] = scaler.fit_transform(train[new_num_cols]) test_df[new_num_cols] = scaler.transform(test[new_num_cols]) df kf = StratifiedKFold(n_splits=5, random_state=42, shuffle=True) df['fold'] = -1 for fold, (train_idx, test_idx) in enumerate(kf.split(df, greeks['Alpha'])): df.loc[test_idx, 'fold'] = fold df.groupby('fold')["Class"].value_counts()
07-08
这段代码是用于标签编码和数据预处理的。首先，将训练集和测试集中的 'EJ' 列的取值 'A' 和 'B' 映射为 0 和 1。接下来，使用 StandardScaler 对训练集和测试集中的浮点数类型的列进行标准化处理。然后，创建了一个新的数据框 df 和 test_df 来保存处理后的数据。 接下来，使用 StratifiedKFold 将数据集分成了 5 个折叠，并将每个样本所属的折叠编号存储在 df 的 'fold' 列中。最后，使用 groupby 函数按照 'fold' 列和 'Class' 列进行分组，并计算每个折叠中每个类别的样本数量。
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