单细胞 + ATAC + 突变 + 空间揭示了肝母细胞瘤中克隆进化和细胞可塑性的相互作用

作者，Evil Genius

我们课程以及结束了，大家都要好好学习了，钱花了没学到技能就太亏了。我们学习生信需要掌握两点：

• 1、生信的分析方法
• 2、课题的思路设计

今日参考文章Single-cell multiomics reveals the interplay of clonal evolution and cellular plasticity in hepatoblastoma | Nature Communications

现在的文章，感觉不是多组学都不好意思发了。

单细胞检测突变已经分享了很多了，大家可以查看：

课后补充----单细胞突变分析的高分文章运用

课后补充--关于单细胞突变联合inferCNV的分析

课前准备--单细胞突变矩阵的获得与有害位点的识别

单细胞空间突变信息分析导论

• 肝母细胞瘤(HB)表现出影响临床结果的异质性细胞表型
• 体细胞突变的单细胞图谱揭示了每个肿瘤的克隆结构，表明每个遗传亚克隆在分化状态下表现出自己的细胞可塑性范围。

知识背景

肝母细胞瘤(HB)通常在5岁前被诊断出来，是最常见的儿科肝脏肿瘤。
HB的基因组图谱相对简单，几乎所有肿瘤中都有ß-catenin激活突变，约85%的病例中有11p15.5 imprinted位点的改变，还有十几个其他驱动因素发生低频改变，包括TERT、NFE2L2、ARID1A、RPS6KA3、MDM4或CCDN1。
单细胞 + ATAC + 突变 + 空间

结果1、肝母细胞瘤的单细胞多组学特征

结果2、肝母细胞瘤细胞沿两条分化轴呈连续状态

这其中体现了转录组 + ATAC的轨迹变化

以及分化的空间变化

结果3、HB分化极染色质可及性图谱

不同轨迹的开放染色质差异

结果4、细胞状态转变背后的基因调控网络的渐进式激活

TF沿LP-H分化轴的激活时间(转录因子联合轨迹分析)

结果5、bulk RNA-seq数据中HB细胞状态的反卷积

结果6、在单细胞数据中绘制遗传亚克隆

肿瘤的进展涉及连续几轮的克隆扩增，其中具有选择优势的肿瘤细胞比其邻居增殖得更快，并产生亚克隆。这些亚克隆可以通过遗传改变——拷贝数改变(CNAs)和突变——从共同的祖先细胞遗传来追踪。为了在单细胞尺度上重建克隆结构，首先利用了匹配WGS数据中鉴定的高质量体细胞突变。总体而言，在单细胞数据中检测到347/11,798(2.9%)体细胞突变。9.7%的细胞显示出至少一种体细胞突变，从而以97%的精度将细胞分配到其来源样本。在2959号患者(2个同步HB样本)中，WGS发现两个样本共有382个主干突变，534个亚克隆1 (cl1)突变特异于2960t号样本，499个亚克隆2 (cl2)突变特异于2959t号样本。我们使用scReadCounts在单细胞数据中绘制这些突变图。正如预期的那样，在所有snRNA-seq集群中都遇到了主干突变(在单个细胞中检测到n = 34)。

整合突变和CNAs，可以重建该患者的进化树，并识别属于每个亚克隆的细胞。我们使用相同的策略来重建每个HB的单细胞克隆结构，并比较遗传亚克隆的表型特征。

单细胞测序数据提供了体细胞改变的途径，包括拷贝数改变和突变。在单细胞水平上发现了HB的关键遗传改变，如11p15.5位点的CTNNB1突变和CN-LOH。利用匹配的WGS数据，可以重建每个肿瘤的进化树，并探索克隆进化与表型可塑性的相互作用。我们发现转录组细胞状态不遵循遗传亚克隆。相反，每个亚克隆保持可塑性，并表现出分化状态的梯度。

其中关注一下单细胞突变的方法，来看一下

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