Seurat、anndata/h5ad、LOOM、SingleCellExperiment 格式互相转换

最新推荐文章于 2024-01-24 16:44:12 发布
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文章标签： 数据结构
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单细胞测序从rds转loom
qq_45978569的博客
10-20 201
【代码】单细胞测序从rds转loom。
R语言：读取loom文件，以及loom文件转成Seurat对象
watermel__的博客
09-05 3902
使用satijalab开发的loomR读取loom文件，具体详见https://satijalab.org/loomr/loomr_tutorial。
Seurat SingleCellExperiment anndata相互转化
qq_45759229的博客
09-17 5518
scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换 环境安装注意点 系统：macos python:anaconda(base) python3.8.8 R: 4.1.1 当安装rpy2时，需要注意的是安装pip install rpy2==3.4.2版本，不要安装最新版本，否则下面的例子会出现问题 [外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-bF6bQGkY-1631809382770)(attachment:%E5%9B%BE%E7%89%8
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）
生信小博士的博客
03-22 2608
关键字。
seurat对象转为h5ad
baidu_38679951的博客
08-15 3100
怎么把seurat对象转存为scanpy需要的h5ad格式？
R读取.h5ad文件并建立seurat对象分析（day3）
Recordarse的博客
11-17 5044
R读取.h5ad文件并建立seurat对象分析
在R中如何把一个seurat对象保存为h5ad格式
09-15
在R中，如果你想将一个...你可以使用`write_h5ad`函数将AnnData对象保存为h5ad格式，这意味着你需要首先将Seurat对象的数据转换为AnnData格式，然后用Scanpy保存。这部分转换和保存的操作通常需要在Python环境中完成。
使用R语言将rds文件中seurat对象转换为h5ad文件后如何保存
最新发布
10-10
在R语言中，当你需要将Seurat对象从`.rds`格式转换成H5AD格式（通常用于Scanpy库），可以按照以下步骤操作： 1. 首先，你需要确保已经安装了必要的包，包括`reticulate`（用于Python交互）和`Seurat`。你可以通过...
Seurat-to-RNA-Velocity:将Seurat对象与RNA Velocity结合使用的指南
05-28
苏拉特对RNA的速度 罗勒·库德（Basil Khuder） ...首先，我们将为您在Seurat分析中使用的每个单细胞样本生成织机文件（一种为基因组数据集（例如单细胞）设计的文件格式）。 织机文件不同于您在Seura
在R中如何把seurat对象的count原始数据转化为h5ad的格式，在python中读取
09-15
3. **导出数据**：将Seurat对象中的数据导出为适合转换为h5ad格式的文件，比如CSV或HDF5格式。 ```R # 这是一个假设的例子，实际使用时需要根据你的Seurat对象进行调整 seurat_counts (seurat_object, slot = ...
seurat-disk:基于HDF5的单单元文件格式的接口
05-18
SeuratDisk v0.0.0.9015 h5Seurat文件格式是专门为存储和分析多模式单细胞和空间分辨表达实验而设计的，例如，来自CITE-seq或10X Visium技术。 它保存所有分子信息和相关的元数据，包括（例如）最近邻图，降维信息，空间坐标和图像数据以及簇标签。 我们还支持h5Seurat和AnnData对象之间的快速磁盘转换，目的是增强Seurat和Scanpy之间的互操作性。 安装 SeuratDisk当前在CRAN上不可用。 您可以使用以下命令从安装它： if ( ! requireNamespace( " remotes " , quietly = TRUE )) { install.packages( " remotes " ) } remotes :: install_github( " mojaveazure/seurat-disk " ) 依存关
anndata:R中带注释的多元观测数据
03-27
anndata-带注释的数据 是常用的Python软件包，用于跟踪数据和学习的注释，并且可用于读取和写入h5ad文件格式。 它也是scanpy python软件包（Wolf，Angerer和Theis 2018）中使用的主要数据格式。 但是，在R中使用scanpy / anndata可能会很麻烦。 当尝试读取h5ad文件时，R用户可以采用以下两种方法之一来解决此问题。 A）您可以手动读取文件（因为它是H5文件），但这需要大量的手动工作，并且需要对h5ad和H5文件格式的工作方式有很多了解（并且，还要期待因隐藏的hdf5r错误而引起的严重头痛） 。 或B）通过网状结构与scanpy和andata进行交互，但遇到了将某些python对象转换为R的问题。 我们最近在CRAN上发布了 ，它是Python程序包的R包装器-顶部撒有一些语法，使R用户感到宾至如归。 将R anndata仍在于积极
Python R分别读取.h5ad文件
热门推荐
watermel__的博客
02-22 1万+
1.Python读取.h5ad文件（比R方便）在这里插入代码片 import anndata import pandas as pd adata=anndata.read("/home/R/R_data/Seurat/PBMC10/output/adata.h5ad") adata.X.todense() X=pd.DataFrame(adata.X.todense()) cell_name=adata.obs.index chr_name=adata.var.index X.index=cell_name
RNA速率 | bam转loom+根据已有的Seurat对象可视化（避坑篇）
qq_42881059的博客
11-27 8398
（一）velocyto生成loom文件（linux） 需要的是标准的基因组gtf注释文件和bam文件。 1.1 使用conda 构建一个velocyto软件分析环境 #创建velocyto环境 conda create -n velocyto #进入velocyto环境 conda activate velocyto #安装需要的包 conda install samtools conda install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn
生信数据分析｜scRNA-seq数据获取与转化
weixin_52979964的博客
01-24 2254
生信数据下载实在是太麻烦了！！
Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（差异分析与细胞注释）（五）
m0_72224305的博客
10-22 5616
1写在前面 本期我们介绍一下如何使用Seurat包进行差异分析，以及如何使用SingleR进行细胞注释。😘 2用到的包 rm(list = ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(SingleR)library(celldex)library(RColorBrewer)library(SingleCellExperiment) 3示例数据 这里我们还是使用之前建好的srat文件，我之前保存成了.Rdata，这里就直接加载了。🧐 load("./srat2.
获取基金数据python库_python获取基金数据求基金30天移动平均线
weixin_39536630的博客
12-04 336
单个基金import tushare as tsimport xlrd#读取数据import pandas as pdts.set_token('xxxxxxxxxxxxxx')pro = ts.pro_api()path="C://Users//fuxingyu//Desktop//基金.xlsx"path2="C://Users//fuxingyu//Desktop//分析结果.xlsx"df...
推荐一个，能够对数据标注进行追踪的数据格式anndata
Kp0fS的草稿纸
11-24 855
anndata
单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment
gao_yan1的博客
12-12 3954
刘小泽写于19.10.26-27 分析单细胞数据，常见的一个名称就是SingleCellExperiment或者sce，那么这次就来认识一下这个基础知识点 这是单细胞分析中的非常常用的S4对象，里面包罗万象，但依然有据可循。那么它是如何组织的？存储了什么内容？这就是我们这次要探索的任务。内容来自：https://osca.bioconductor.org/data-infrastructure...
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