16s扩增子测序分析及解读报告的制作

最新推荐文章于 2024-04-25 17:20:55 发布
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文章标签： 数据分析
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我目前通过自学懂得了利用qiime2做出了多样性分析和注释，但是看各大生物公司的16s解读报告上有的东西实在不知道怎么做出来，求问：各路大神有没有16s全套生信分析的教程？希望向各路大神学习学习！！！

生信小白菜儿
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扩增子测序
tinygene的博客
03-23 732
微基生物可利用二代高通量测序、三代高通量测序等平台对土壤、水体、粪便、肠道内容物、唾液、皮肤等样本中的16S rRNA基因/18S rRNA基因/ITS/功能基因等进行检测，检测样本中微生物的种类和相对丰度。
16S扩增子测序分析流程.pdf
10-26
16S扩增子测序分析流程.pdf
数据分析：扩增子分析（qiime2平台全流程分析）
最新发布
H20230717的博客
04-25 1546
在qiime2中的16s数据分析流程
扩增子分析解读3格式转换,去冗余,聚类
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-10 4558
本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料，加速大家对同行文章的解读能力。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术，由于微生物组受环境影响大，实验间重复较差，更需要更多的实验重复和分析技术来保证结果的准
Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-07 2328
16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响 Quantification of variation and the impact of biomass in targeted 16S rRNA gene sequencing studies Microbiome, [9.133] 原文链接: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles...
扩增子分析解读1质控,实验设计,双端序列合并
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-08 6345
写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信很多朋友都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的初衷是写给刚进实验室的学生读，加速大家对同行文章的解读能力。如果连同行的结果都看不懂，何谈对数据的理解，对科学问题的解释。希望刚入行的小伙伴多读高水平文章，配合我的解读，定能让理解上升一个层次。之前説过的，此系列只要阅读过万，留言过百即分析纯干货《扩增子分析解读》。结果本公众号开通1个月，阅读量居然已经
扩增子分析流程 —— 数据处理（vsearch）
卢严砖的博客
06-01 9902
在扩增子分析流程中，使用vsearch工具进行前期数据处理的方法
win16s：在Windows中分析16S rDNA扩增子测序数据的简单管道
02-16
win16s是针对Windows用户开发的16S rDNA扩增子测序数据处理工具，它降低了微生物群落分析的门槛，使得更多研究者能够在自己的平台上便捷地开展微生物生态学研究。通过使用win16s，科研人员可以快速理解并探索样本间...
2003554使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据_final1
08-08
《使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据》 微生物组研究在近年来已经成为生命科学研究的热点，其中16S rRNA基因扩增子测序技术因其高通量、成本效益高的特性，被广泛用于微生物群落结构的解析。QIIME...
使用QIIME 2流程分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据1
08-08
本文将详细介绍如何使用QIIME 2进行16S rRNA基因扩增子测序数据的分析。 首先，QIIME 2采用了Python 3作为基础语言，确保了与最新的算法和技术兼容，同时支持交互式图表，增强了数据可视化功能。此外，QIIME 2的...
16S扩增子多样性测序平台、测序数据量选择汇总.pdf
05-07
16S扩增子多样性测序平台、测序数据量选择汇总.pdf16S扩增子多样性测序平台、测序数据量选择汇总.pdf16S扩增子多样性测序平台、测序数据量选择汇总.pdf16S扩增子多样性测序平台、测序数据量选择汇总.pdf16S扩增子...
16s扩增子分析注意事项和经验总结Tips
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
07-03 1万+
个人1年多16s/ITS扩增子分析中积累的点点滴滴，此文适合新人了解相关零散知识，也适合有分析经验的人交流与讨论。以下分析的经验，是以测序数据类型为Illumina HiSeq 2500产出的双端250数据类型(PE250)为基础。 扩增测序技术选择：推荐使用PE250，性价比超高； 原始数据使用fastqc质量评估，会发现数据右端末端质量较差，这是测序仪原理导致，我们在双端合并时还会利用另一端高质
扩增子、宏基因组测序问题集锦
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
07-01 1万+
扩增子、宏基因组测序问题集锦原文转自诺禾致源，点我阅读原文。作者整理的非常好，值得学习。但本人又结合自己经验进行了修改，并对每个问题例举了实例和添加自己的理解(个人经验部分)。微生物，是地球上最古老的生命形式之一，它们虽然微小，却无处不在。随着高通量测序技术的发展，测序成本逐步降低，测序通量飞速提高，如今我们可以用更低的成本，对微生物进行更深入和更广泛的研究。在微生物群落多样性研究中，目前主要的技术
VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-09 1984
前言前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Ed...
扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物
热门推荐
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08-08 2万+
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Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
02-10 9379
本文“宏基因组”公众号原创。 作者：舟行天下 编辑：metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到：1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）一直是研究微生物多样性以及进化生物学系统发育树构建的标准标记基因。然而，由于SSU rRNA 数据库收录的全长SSU...
16s扩增子 qiime2 实战
To pimp a butterfly
03-03 3174
qiime2的安装 服务器上的安装 启用qiime环境 sudo su conda info --envs conda activate qiime2-2020.11 关闭环境 conda deactivate 安装fastqc multiqc # fastqc conda install -c bioconda fastqc -y # multiqc pip install multiqc 参考博客： 扩增子分析流程详细版 16s数据分析流程 1 下载文件转换 sra或者.1文件转fastq fa
升级版微生物16s测序报告|解读
Hangzhou_Guhe的博客
03-30 4970
微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题，在原有的基础上对报告进一步完善。 报 告 全 新 升 级  想知道总体结果？先看这 ——项目概述 重要指数 :★★★★★ 这部分内容必看。 主要是汇总信息，包括样本数据量，测序质量，重...
QIIME2新手指南：16S扩增子分析详解
总结来说，这份PDF详细阐述了QIIME2在16S扩增子数据分析中的全过程，从数据导入到结果解读，涵盖了数据预处理、多样性和物种组成分析等多个环节，是学习和实践微生物群落分析的重要参考资料。对于生物信息学初学者，...

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